Chiến tranh tôn giáo là cuộc chiến tranh giữa các tín đồ tôn giáo khác nhau. Thông thường, thuật ngữ này được dùng để chỉ các cuộc xung đột giữa những người Tin Lành và Công giáo ở châu Âu khoảng thế kỷ 16 và 17.