Tháng 3 năm 1957, dưới thời Đệ nhất Cộng hòa, Tổng thống Ngô Đình Diệm ký sắc lệnh thành lập Viện Đại học Huế gồm 4 trường đại học (còn gọi là phân khoa đại học): Khoa học, Văn khoa, Luật khoa, và Sư phạm. Viện trưởng đầu tiên là giáo sư Nguyễn Quang Trình (1/3/1957–7/1957), kế nhiệm là linh mục Cao Văn Luận[2]. Đến năm 1959, Viện Đại học Huế mở thêm chương trình dự bị y khoa. Năm 1961 thì thành lập thêm Trường Đại học Y khoa.[3]
Ngay trong 12 năm đầu tiên, từ năm học 1957-1958 đến năm học 1968-1969, Viện Đại học Huế đã có những phát triển vượt bậc:[3]
Sinh viên: từ 670 tăng lên 2.491 (1963)[4] rồi 3.319 sinh viên - tăng 495 phần trăm;
Giáo sư: từ 6 giáo sư cơ hữu và 19 giáo sư thỉnh giảng tăng lên 60 giáo sư cơ hữu và 145 giáo sư thỉnh giảng - tăng 920 phần trăm;
Ngân sách: từ 3.700.000 đồng/năm tăng lên 116.401.000 đồng/năm (tương đương 986.450 đô la Mỹ) - tăng 3.140 phần trăm.
Trường Đại học Khoa học: năm 1970 có 1.115 sinh viên; hiệu trưởng là Tiến sĩ Nguyễn Văn Hai (44 tuổi, quê ở Huế, cựu sinh viên Viện Đại học Sorbonne).[3]
Trường Đại học Văn khoa: năm 1970 có 944 sinh viên; hiệu trưởng là Tiến sĩ Lâm Ngọc Huỳnh (39 tuổi, từng ở Hà Nội, cựu sinh viên Viện Đại học Sorbonne).[3] Sau năm 1975, Trường Đại học Văn khoa bị sát nhập vào Trường Đại học Khoa học để lập nên Trường Đại học Tổng hợp Huế (1976); năm 1994 Trường Đại học Tổng hợp Huế đổi tên thành Trường Đại học Khoa học và là một trường thành viên của Đại học Huế.[6]
Trường Đại học Luật khoa: năm 1970 có 627 sinh viên; hiệu trưởng là Tiến sĩ Nguyễn Sĩ Hải (48 tuổi, quê ở Huế, cựu sinh viên Viện Đại học Sài Gòn).[3]
Trường Đại học Sư phạm: năm 1970 có 407 sinh viên; hiệu trưởng là Tiến sĩ Nguyễn Quới (45 tuổi, quê ở Quảng Ngãi, cựu sinh viên Viện Đại học Sorbonne).[3] Trường này còn kiêm thêm Trường Trung học Kiểu mẫu Huế (thành lập năm 1964).[7] Sau năm 1975, Trường Đại học Sư phạm bị tách ra thành một trường đại học riêng rẽ, cũng lấy tên là Trường Đại học Sư phạm Huế; năm 1994, Trường Đại học Sư phạm Huế trở thành một trường thành viên của Đại học Huế.[8]
Trường Đại học Y khoa: năm 1970 có 226 sinh viên; hiệu trưởng là Bác sĩ Bùi Duy Tâm (47 tuổi, quê ở Hà Nội, cựu sinh viên Viện Đại học Sài Gòn và Viện Đại học Chicago).[3] Khóa đầu tiên tốt nghiệp là năm 1969 với 25 tân khoa.[9] Sau năm 1975, Trường Đại học Y khoa bị tách ra thành một trường đại học riêng rẽ, cũng lấy tên là Trường Đại học Y khoa Huế; năm 1994, Trường Đại học Y khoa Huế (nay là Trường Đại học Y Dược) trở thành một trường thành viên của Đại học Huế.[10]
Lê Văn: Hiệu trưởng (còn gọi là Trưởng Phân khoa) Trường Đại học Sư phạm, sáng lập viên Trường Trung học Kiểu mẫu Huế.[11]
Bốn giáo sư người Đức giảng dạy ở Viện Đại học Huế: Horst-Günther Krainick, Elisabetha Krainick, Alois Alteköster, và Raimund Discher, cả bốn được cho là bị quân cộng sản giết trong Tổng công kích Tết Mậu Thân[12][13]