Invaginasie is die invouing van een deel in ’n ander deel of struktuur,[1] waardeur ’n holte geskep word.[2]
In biologie verwys dit veral na die morfogenetiese prosesse waardeur 'm embrio vorm aanneem, en is dit die eerste stap van gastrulasie,[3] die massiewe herrangskikking van die embrio van ’n eenvoudige, sferiese bol selle (blastula) in ’n organisme met vele lae en gedifferensieerde kiemlae: die endoderm, mesoderm en ektoderm. Invaginasie kom ook in ander stadiums van embrio-ontwikkeling voor.
Die term, wat aanvanklik net in embriologie gebruik is, is in ander dissiplines ook opgeneem. Dit beteken op elke terrein iets anders.