كان محمد باقر المجلسي حريصاً في طلب العلم وحفظ التراث من الضياع حيث كانت الأصول المعتبرة مهجورة، إما لاستيلاء سلاطين المخالفين أو لرواج العلوم الباطلة بين الجهال المدعين للفضل أو لقلة اعتناء جماعة من المتأخرين، فطفق يجمع العلوم من خلال كتاب الله وأخبار أهل البيت.[4]
كان المجلسي يختار عنوان لكل من المجلدات في المرحلة الأولى ثم يفتح أبواب لكل عنوان ثم يورد تحت كل باب الآيات المتعلقة به مباشرة أو بالاستعانة بالقرائن المناسبة للموضوع. ثم كان يعقب -في مواطن الضرروة- ذلك باقوال المفسرين اللذين يكثر النقل عنهما.[5][6][7] في المرحلة الثانية كان يدرج تحت ذلك الاحاديث ذات الصلة بالعنوان نفسه ويذكر أسانيد الروايات باختصار. وأحيانا يكتفي بنقل بعض فقرات الحديث وينقل الحديث كاملا في الباب المناسب له مشيراً أحيانا إلى مصدر الحديث في البحار.[8]
اشار الكثير من العلماء حول اعتبار الكتاب ومكانته، منهم:
الشيخ آقا بزرك الطهراني: «هو الجامع الذي لم يكتب قبله ولا بعده جامع مثله لاشتماله مع جمع الأخبار على تحقيقات دقيقة وبيانات وشروح لها غالبا لا توجد في غيره».[9]
روح الله الخميني:«بحار الأنوار يشتمل على أربعمائة كتاب ورسالة؛ ويعد وحده بمثابة مكتبة كاملة».[10]
العلامة الطباطبائي: «يعدّ بحار الأنوار من ناحية جمع للأخبار والروايات دائرة معارف شيعية، وأن ذوق المؤلف في تبويب الكتاب وتصنيفه يثير الإعجاب ومتابعته للآيات المتعلقة بالابواب والموضوعات تحير العقول».[11]
طُبِع كتاب بحار الأنوار في 110 مجلد لأول مرة في طهران، ثم طُبِع في مؤسسة دار الكتب الإسلامية، ونُشِر نفس النسخ من قبل مؤسسة دار الإحياء والوفاء.
وطُبِع في 54 مجلد بيروتي و38 مجلد إيراني في الآونة الأخيرة.[12]