الساعة الجزيئية (بالإنجليزية: Molecular clock) هي تقنية تحليل وراثية تعتمد على فرضية أن الطفرات في جينوم الكائنات الحية تحدث في تتابع وبنمط منتظم على الفترات الطويلة من الزمن. وتعتمد بالتالي كطريقة رياضية لتقدير الزمن الذي انفصل فيه نوعان عن سلفيهما أثناء التاريخ التطوري.
يرجع اكتشاف مفهوم الساعة الجزيئية لإميل زوكرلاند (Emile Zuckerkandl) ولينوس پولينڤ (Linus Pauling)، في سنة 1962، عندما لاحظ كل منهما أن عدد لاختلافات في تسلل الأحماض الأمينية في صبغ الهيموڤلوبين (و هو پروتين ينقل الأكسجين في الكريات الحمراء) المنتمية لتحدرات حيوانية مختلفة له علاقة مباشرة بقدم الفترة التي حدث فيها الانفصال عن أسلافها، كما هو مقدر من السجل الأحفوري.[1]
^Zuckerkandl, E. and Pauling, L.B. (1962). "Molecular disease, evolution, and genetic heterogeneity", in Kasha, M. and Pullman, B (editors): Horizons in Biochemistry. Academic Press, New York, 189–225.
