نظرًا لأن العديد من الحالات المبكرة كانت مرتبطة بسوق كبير للطعام البحري والحيوان، يُعتقد أن الفيروس له أصل حيواني المنشأ، لكن لم يؤكد ذلك.[16] أظهرت مقارنات التسلسل الجيني لهذا الفيروس وعينات الفيروسات الأخرى أوجه تشابه مع فيروس السارس (79.5%)[17] وفيروسات الخفافيش التاجية (96%)،[2] مما يجعل كون الأصل النهائي هو الخفافيش مرجحا.[18][19][20]
تضمنت الأعراض الموثقة حدوث حمى في 90% من الحالات،[35] وضعفٍ عام وسعالٍ جاف في 80%،[35][36] وضيقٍ في النفس في 20%، مع ضائقة تنفسية في 15%.[36] أظهرت الأشعة السينية علاماتٍ طبية في كلتا الرئتين. العلامات الحيوية مُستقرة عمومًا في وقت الإدخال إلى المستشفى.[36] تُظهر اختبارات الدم انخفاض في عدد خلايا الدم البيضاء (قلة الكريات البيضوقلة اللمفاويات).[35]
وفقًا لمنظمة الصحة العالمية، فإنهُ قد يكون هناك انتقالٌ محدودٌ للفيروس من إنسانٍ لآخر لهذا الفيروس داخل عائلات المرضى، وقد يحدث تفشي للمرض على نطاق واسع. في 20 يناير 2020، وُثّقت حالة انتقال للعدوى من إنسانٍ لآخر في غوانغدونغ في الصين، وذلك حسب تشونغ نانشان، وهو رئيس فريق لجنة الصحة للتحقيق في التفشي.
انتقال فيروس كورونا السارس 2 بين البشر (إنسان إلى إنسان) تأكد أثناء تفشي جائحة فيروس كورونا 2019–20.[38] يحدث الانتقال أساسا عبر القطيرات التنفسية الناتجة عن السعال والعطاس في مجال حوالي مترين (6 أقدام).[39][40] الاتصال غير المباشر عبر السطوح الملوثة هو سبب آخر ممكن لحدوث العدوى.[41] تشير البحوث الأولية إلى أن الفيروس يمكن أن يبقى حياً على البلاستيك أو الحديد حتى ثلاثة أيام، لكنه لا يعيش على الكرتون أكثر من يوم واحد أو على النحاس أكثر من أربع ساعات،[42] ويُثبَّط نشاطه بالصابون.[43]، وُجِد الرنا الفيروسي كذلك في عينات براز من مرضى مصابين بالفيروس.[44]
ما إذا كان الفيروس معديا أثناء فترة الحضانة مازال أمراً غير متيقن منه، ففي 1 فبراير 2020 صرحت منظمة الصحة العالمية أن «انتقال الفيروس من الأفراد الذين لا تبدو عليهم الأعراض على الأرجح ليس عاملا أساسيا في انتقاله».[45] مع ذلك، اقترح نموذج وبائي لبداية التفشي في الصين «أن انتقال الفيروس قبل ظهور الأعراض يمكن أن يكون نموذجياً ومألوفا بين الإصابات الموثقة» وأن العدوى بدون أعراض يمكن أن تكون سبب معظم حالات الإصابة.[46]
اكتُشِفت أول إصابة معروفة بسلالة فيروس كورونا السارس 2 في ووهان، الصين.[47] المصدر الأصلي لانتقال الفيروس إلى البشر مازال غير واضح.[48][49][50] مع ذلك، نتج عن دراسات أصل تفشي فيروس السارس 2002-2004 اكتشاف العديد من فيروسات كورونا الخفاشية المشابهة للسارس، التي نشأ معظمها في جنس رينولوفوس من خفاش حدوة الحصان. عُثِر على تسلسلين اثنين لحمض نووي فيروسي من عينات أخذت من خفاش حدوة الحصان الصيني الأصهب (الاسم العلمي: Rhinolophus sinicus) أظهرت تطابقا بنسبة 80% مع فيروس كورونا السارس 2.[51][52][53] تسلسل حمض نووي ثالث أخذ من فيروس خفاش حدوة الحصان الوسطي (الاسم العلمي: رينولوفوس أفينيس، Rhinolophus affinis) في مقاطعة يونان (الصين) أظهر تطابقا بنسبة 96% مع فيروس كورونا السارس 2.[47][54] وتعتبر منظمة الصحة العالمية الخفافيش بأنها الخزان الطبيعي الأرجح لفيروس السارس 2.[55]
أظهرت دراسة ميتاجينومية نُشرت سنة 2019 أن فيروس السارس -السلالة التي تُحِدث مرض السارس- كانت أكثر فيروسات كورونا المنتشرة بين عينات آكل النمل الحرشفي سوندا.[56] في 7 فبراير 2020 أُعلن أن باحثين من غوانزو اكتشفوا عينة آكل نمل حرشفي تحتوي على تسلسل حمض نووي فيروسي متطابق بنسبة 99% مع فيروس كورونا السارس 2.[57] وحين نُشر البحث، أظهرت النتائج أن «نطاق الارتباط بالمستقبل الخاص ببروتين الحسكة»S protein«الخاص بفيروس كورونا آكل النمل الحرشفي المكتشف حديثا متطابق تقريبا مع نظيره (نطاق الارتباط) الخاص بفيروس سارس 2 مع اختلافٍ في حمض أميني واحد فقط».[58] آكلات النمل الحرشفي محمية بموجب القانون الصيني، لكن صيدها غير القانوني والاتجار بها لاستخدامها في الطب الصيني مازال شائعا.[59]
وجد علماء الأحياء الدقيقة وعلماء الوراثة في تكساس بشكل مستقل دليلا على إعادة التفارز في فيروسات كورونا وهذا يوحي بوجود دور لآكلات النمل الحرشفية في أصل فيروس كورونا السارس 2.[60] إلا أن فيروسات كورونا الخاصة بآكل النمل الحرشفي المعثور عليها إلى اليوم لا تتشارك سوى 92% من كامل جينومها مع فيروس كورونا السارس 2 وهو ما يجعلها أقل تماثلا من الفيروس الخفاشي BatCoV RaTG13 بالنسبة لفيروس كورونا السارس 2.[61]، وهذا الأمر غير كافٍ لإثبات أن آكل النمل الحرشفي هو المضيف الوسيط لو قورن بفيروس السارس المسؤول عن تفشي 2002-2004 الذي تشارك 99.8 من جينومه مع فيروس كورونا معروفٍ خاص بقط الزباد.[62]
مع عدد كافٍ من الجينومات التي حُدِّدت تسلسلاتها، من الممكن إنشاء شجرة تطور السلالات لتاريخ تطفر عائلةٍ من الفيروسات. بحلول 12 يناير 2020، عُزلت خمس جينومات لفيروس السارس 2 من ووهان وأبلغ عنها من قبل مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها (CCDC) ومعاهد أخرى،[9][70] ثم ارتفع عدد الجينومات إلى 179 بحلول 6 مارس 2020.[71] أظهرت دراسة تطور السلالات لهذه الجينومات أنها «ذات قرابة شديدة لبعضها، مع سبع طفرات على الأكثر عن سلف مشترك»، وهو ما يوحي بأن أول إصابة بشرية حدثت في نوفمبر أو ديسمبر 2019.[72]
قطر فيروس السارس 2 حوالي 50-200 نانومتر.[73] وكباقي فيروسات كورونا الأخرى فهو يتكون من أربع بروتينات بنيوية هي: بروتين الحسكة (S)، بروتين الغلاف (E)، بروتين الغشاء (M) وبروتين القفيصة المنواة (N). يحتوي بروتين N على جينوم الرنا الخاص بالفيروس، وتشكل بروتينات S وE وM معا الغلاف الفيروسي.[74] بروتين الحسكة مسؤول على السماح للفيروس بالارتباط بغشاء الخلية المضيفة.[74]
أظهرت تجارب نمذجة البروتين على بروتين الحسكة الخاص بالفيروس أن لفيروس السارس 2 ألفة كافية مع مستقبلات الإنزيم المحول للأنجيوتنسين 2 (ACE2) الخاصة بالخلايا البشرية لتستخدمها كآليات دخول للخلايا.[75] بتاريخ 22 يناير 2020 -وبشكل مستقل- أثبتت مجموعة باحثين في الصين تعمل على جينوم فيروس كامل ومجموعة باحثين في الولايات المتحدة باستخدام طرق علم الوراثة العكسي تجريبيا أن ACE2 يمكن أن يعمل كمستقبل لفيروس السارس 2.[47][76][77][78][79][80] أظهرت الدراسات أن لفيروس السارس 2 ألفة أكبر لـACE2 البشري من سلالة فيروس السارس الأصلي.[81] لا يبدو أن المستقبل الخلوي لفيروس ميرسDPP4 يتعرف على بروتين الحسكة الخاص بفيروس السارس 2، وهذا يتوافق مع التماثل الجزيئي الأكبر لفيروس سارس 2 مع فيروس السارس وقلته فيروس ميرس.[82] فيروس كورونا السارس 2 ربما يستخدم باسيجين كذلك للدخول إلى الخلية.[83]
القص الأولي لبروتين الحسكة (S) بواسطة بروتياز السيرين عبر الغشائي 2 (TMPRSS2) أساسي لدخول فيروس كورونا السارس 2 إلى الخلية المضيفة. بعد ارتباط الفيروس بالخلية الهدف، يقوم TMPRSS2 الخاص بالخلية بقص بروتين الحسكة الفيروسي كاشفا ببتيد دمج يقوم بمدج غشاء الفيروس والغشاء الخلوي، بعد ذلك يحرر الفيروس جينوم الرنا الخاص بع في الخلية لإنتاج نسخ أخرى تنتشر بدورها لأصابة خلايا أخرى.[84] يُنتج فيروس السارس 2 على الأقل ثلاث عوامل فوعة تحفز نشر الفيروسات الجديدة من الخلايا المضيفة وتثبيط الاستجابة المناعية.[74]
اعتبارًا من 20 مارس 2020، كان هناك 244.517 حالة إصابة مؤكدة، منها 81193 في بر الصين الرئيسي.[95] في حين أن نسبة العدوى التي تؤدي إلى إصابة مؤكدة أو تقدم إلى مرض قابل للتشخيص لا تزال غير واضحة، يقدر أحد النماذج الرياضياتية عدد المصابين في ووهان وحدها عند 75815 اعتبارًا من 25 يناير 2020، في وقت كانت فيه الإصابات المؤكدة أقل بكثير.[96][97] بلغ العدد الإجمالي للوفيات المنسوبة إلى الفيروس 10030 حتى 20 مارس 2020 (04:15 UTC)؛ تعافى 86,025 شخصًا من العدوى بحلول ذلك الوقت.[88] وقعت أقل من ثلث الوفيات في مقاطعة خوبي، حيث تقع ووهان. قبل 24 فبراير 2020، كانت النسبة أكثر من 95٪.[98][99]
قُدِّر عدد التكاثر الأساسي للفيروس بين 1.4 و 3.9.[100][101] وهذا يعني أنه من المتوقع أن تؤدي كل إصابة من الفيروس إلى 1.4 إلى 3.9 إصابة جديدة عندما لا يكون هناك أفراد في المجتمع معهم مناعة وفي غياب اتخاذ تدابير وقائية.
1. فيروس كورونا المستجد 2019، وعرف بعد أسماءٍ منها فيروس كورونا الجديد أو فيروس كورونا المتحور الجديد أو فيروس كورونا ووهان أو فيروس ذات رئة سوق المأكولات البحرية في ووهان أو فيروس ذات رئة ووهان.
^World Health Organization (2020). Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV): interim guidance v1, January 2020 (Report). World Health Organization. hdl:10665/330376. WHO/2019-nCoV/Surveillance/v2020.1.
^ ابجHui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. معرف الوثيقة الرقمي:10.1016/j.ijid.2020.01.009. PMID 31953166.
^Chan JF، Yuan S، Kok KH، وآخرون (يناير 2020). "A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster". Lancet. ج. 395 ع. 10223: 514–523. DOI:10.1016/S0140-6736(20)30154-9. PMID:31986261.
^Holshue ML، DeBolt C، Lindquist S، وآخرون (مارس 2020). "First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States". The New England Journal of Medicine. ج. 382 ع. 10: 929–936. DOI:10.1056/NEJMoa2001191. PMID:32004427.
^Xiao K، Zhai J، Feng Y (فبراير 2020). "Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins". bioRxiv:2020.02.17.951335. {{استشهاد ببيوركسيف}}: تأكد من صحة قيمة |biorxiv= (مساعدة)
^Wong MC، Cregeen SJJ، Ajami NJ، Petrosino JF (فبراير 2020). "Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019". bioRxiv:2020.02.07.939207. {{استشهاد ببيوركسيف}}: تأكد من صحة قيمة |biorxiv= (مساعدة)
^Zhu N، Zhang D، Wang W، وآخرون (فبراير 2020). "A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019". The New England Journal of Medicine. ج. 382 ع. 8: 727–733. DOI:10.1056/NEJMoa2001017. PMID:31978945.
^Hui DS، I Azhar E، Madani TA، وآخرون (فبراير 2020). "The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health - The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China". International Journal of Infectious Diseases. ج. 91: 264–266. DOI:10.1016/j.ijid.2020.01.009. PMID:31953166.
^Walls AC، Park YJ، Tortorici MA، وآخرون (9 مارس 2020). "Structure, function and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein". Cell. DOI:10.1016/j.cell.2020.02.058. PMID:32155444.
^Andersen KG، Rambaut A، Lipkin WI، وآخرون (16 فبراير 2020). "The Proximal Origin of SARS-CoV-2". Virological. مؤرشف من الأصل في 2020-03-12. اطلع عليه بتاريخ 2020-03-04.
^Coutard B، Valle C، de Lamballerie X، وآخرون (فبراير 2020). "The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade". Antiviral Research. ج. 176: 104742. DOI:10.1016/j.antiviral.2020.104742. PMID:32057769.
^ ابجWu C، Liu Y، Yang Y، وآخرون (فبراير 2020). "Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods". Acta Pharmaceutica Sinica B. DOI:10.1016/j.apsb.2020.02.008. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
^Xu X، Chen P، Wang J، وآخرون (مارس 2020). "Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission". Science China Life Sciences. ج. 63 ع. 3: 457–460. DOI:10.1007/s11427-020-1637-5. PMID:32009228.
^Letko M، Munster V (يناير 2020). "Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV". bioRxiv:2020.01.22.915660. {{استشهاد ببيوركسيف}}: تأكد من صحة قيمة |biorxiv= (مساعدة)
^Letko M، Marzi A، Munster V (فبراير 2020). "Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses". Nature Microbiology. DOI:10.1038/s41564-020-0688-y. PMID:32094589.
^Lu R، Zhao X، Li J، Niu P، Yang B، Wu H، وآخرون (فبراير 2020). "Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding". Lancet. ج. 395 ع. 10224: 565–574. DOI:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. PMID:32007145.
^Wrapp D، Wang N، Corbett KS، Goldsmith JA، Hsieh CL، Abiona O، وآخرون (فبراير 2020). "Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation". Science: eabb2507. DOI:10.1126/science.abb2507. PMID:32075877.
^(بالإنجليزية) Markus Hoffmann, Hannah Kleine-Weber, Nadine Krueger et Marcel A Mueller, « The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells », في bioRxiv, Molecular Biology, 2020-01-31 [النص الكامل, lien DOI (pages consultées le 2020-02-01)]"نسخة مؤرشفة". مؤرشف من الأصل في 2020-09-14. اطلع عليه بتاريخ 2020-12-21.{{استشهاد ويب}}: صيانة الاستشهاد: BOT: original URL status unknown (link)