بدأت هجرة الأقباط إلى فرنسا في وقت مبكر من سنة 1801 بعد الغزو الفرنسي لمصر، وكانت هناك هجرة كبيرة بعد ثورة 1952 في مصر.
تأسست الكنيسة قانونيا على ايد البابا شنودة الثالث في 2 يوليو 1974 باسم الأبرشية القبطية الأرثوذكسية الفرنسية. في 18 يونيو 1994، رفع البابا شنودة وضع الأبرشيه إلى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية الفرنسية، وهي هيئة جديدة. [1]
وكان يرأس الكنيسة المطران مرقس حتى وفاته في 11 مايو 2008. [2]