Start kodon

MT-ATP6 insan mitokondrial DNT geninin kodonunu (mavi dairə) başlayın. Nükleotidlərin hər üçlüyü üçün (kvadrat mötərizələr) müvafiq amin turşusu (bir hərfli kod) verilir, ya MT-ATP8 üçün +1 oxu çərçivəsində (qırmızı ilə) ya da MT-ATP6 üçün +3 çərçivədə (mavi ilə). Genomun bu bölgəsində iki gen üst-üstə düşür.

Start kodon — Başlanğıc kodonu, məlumat RNT (mRNA) transkriptinin ribosom tərəfindən tərcümə olunan ilk kodondur. Ən ümumi başlanğıc kodonu AUQ(yəni müvafiq DNT ardıcıllığında ATQ)[1]. Başlanğıc kodundan əvvəl 5' tərcümə edilməmiş bölgə (5' UTR) gəlir. Prokariotlarda bu ribosomun bağlanma sahəsini əhatə edir[2] . Başlanğıc kodundan əvvəl 5 'tərcümə edilməmiş bölgə (5' UTR) gəlir. Prokaryotlarda bu ribosomun bağlanma sahəsini əhatə edir[3].

Alternativ başlanğıc kodları

[redaktə | mənbəni redaktə et]

Alternativ başlanğıc kodonları standart AUQ kodonundan fərqlənir və həm prokaryotlarda (bakteriya və arxey) həm də eukaryotlarda olur[4]. Alternativ başlanğıc kodonları, zülalın başlanğıcında olduqda (kodon fərqli bir amin turşusu kodlaşdırsaydı belə), Met olaraq tərcümə olunur. Bunun səbəbi, başlanğıc üçün ayrı bir nəqliyyat RNT-nin (tRNT) istifadə edilməsidir[5] .

Eukariotlar

[redaktə | mənbəni redaktə et]

Alternativ başlanğıc kodonları (AUQ olmayan)eukaryotik genomlarda çox nadirdir. Bununla birlikdə, bəzi hüceyrə mRNT-lərı üçün AUQ xaricində təbii olaraq meydana gələn başlanğıc kodonları bildirilmişdir. AUQ-də mümkün olan doqquz mümkün tək nukleotid əvəzetməsindən yeddisi, məməli hüceyrələrdə tərcümə başlanğıc yerləri kimi fəaliyyət göstərən dihidrofolat redüktazın kodon başlanğıcı.

Candida albicans, CAG başlanğıc kodundan istifadə edir[6]. .

Prokariotlar

[redaktə | mənbəni redaktə et]

Prokaryotlar, əsasən QUQ və UUQ alternativ başlanğıc kodlarından çox istifadə edirlər[7]. E. coli% 83 AUQ (3542/4284), 14% (612) QUQ, 3% (103) UUQ [8] və bir və ya iki digərini (məsələn, AUU və ehtimal ki, CUQ) istifadə edir.

AUG başlanğıc kodonları olmayan tanınmış kodlaşdırma bölgələri, E. coli'nin lak operonundakı (QUQ) və (UUQ) bölgələridir[8]. Daha iki yeni tədqiqat müstəqil olaraq 17 və ya daha çox AUQ olmayan başlanğıc kodunun E. coli-də tərcüməyə başlaya biləcəyini göstərdi[9].

Mitoxondiri

[redaktə | mənbəni redaktə et]

Alternativ başlanğıc kodonları (insanlarda AUA və AUU) mitoxondrial genomlarda daha geniş istifadə olunur.[10].

Standart genetik kod

[redaktə | mənbəni redaktə et]

AUQ kodonu metionini kodlayır və başlanğıc yeri kimi xidmət edir: m-RNT kodlaşdırma bölgəsindəki ilk AUQ, zülala çevrilməyə başlayır[11]. GenBank tərəfindən siyahıya alınan digər başlanğıc kodonları,eukaryotlarda nadirdir və ümumiyyətlə Met / fMet üçün kodlardır.

Mühəndislik başlamaq kodonları

[redaktə | mənbəni redaktə et]

Qurulmuş təşəbbüskar tRNT-lar (CUA antikodonu olan tRNT fMet2), UAQ amber stop kodonunda tərcüməyə başlamaq üçün istifadə edilmişdir[12]. Bu tip mühəndislik t RNT-sına ümumiyyətlə UAQ kodonlarında baş verən tərcümə dayandırma siqnalını boğduğu üçün cəfəng bir supressor tRNT adlanır[13].

İstinadlar

[redaktə | mənbəni redaktə et]
  1. ↑ Lobanov, A. V.; Turanov, A. A.; Hatfield, D. L.; Gladyshev, V. N. "Dual functions of codons in the genetic code". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 45 (4). 2010: 257–65. doi:10.3109/10409231003786094. PMC 3311535. PMID 20446809.
  2. ↑ Ivanov, I. P.; Firth, A. E.; Michel, A. M.; Atkins, J. F.; Baranov, P. V. "Identification of evolutionarily conserved non-AUG-initiated N-terminal extensions in human coding sequences". Nucleic Acids Research. 39 (10). 2011: 4220–4234. doi:10.1093/nar/gkr007. PMC 3105428. PMID 21266472.
  3. ↑ Peabody, D. S. "Translation initiation at non-AUG triplets in mammalian cells". The Journal of Biological Chemistry. 264 (9). 1989: 5031–5. PMID 2538469.
  4. ↑ Starck, S. R.; Jiang, V; Pavon-Eternod, M; Prasad, S; McCarthy, B; Pan, T; Shastri, N. "Leucine-tRNA initiates at CUG start codons for protein synthesis and presentation by MHC class I". Science. 336 (6089). 2012: 1719–23. Bibcode:2012Sci...336.1719S. doi:10.1126/science.1220270. PMID 22745432.
  5. ↑ Dever, T. E. "Molecular biology. A new start for protein synthesis". Science. 336 (6089). 2012: 1645–6. doi:10.1126/science.1224439. PMID 22745408. 2022-06-08 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2021-05-26.
  6. ↑ Santos, MA; Keith, G; Tuite, MF. "Non-standard translational events in Candida albicans mediated by an unusual seryl-tRNA with a 5'-CAG-3' (leucine) anticodon". The EMBO Journal. 12 (2). February 1993: 607–16. doi:10.1002/j.1460-2075.1993.tb05693.x. PMC 413244. PMID 8440250.
  7. ↑ Blattner, F. R.; Plunkett g, G.; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. "The Complete Genome Sequence of Escherichia coli K-12". Science. 277 (5331). 1997: 1453–1462. doi:10.1126/science.277.5331.1453. PMID 9278503.
  8. ↑ Sacerdot, C.; Fayat, G.; Dessen, P.; Springer, M.; Plumbridge, J. A.; Grunberg-Manago, M.; Blanquet, S. "Sequence of a 1.26-kb DNA fragment containing the structural gene for E.coli initiation factor IF3: Presence of an AUU initiator codon". The EMBO Journal. 1 (3). 1982: 311–315. doi:10.1002/j.1460-2075.1982.tb01166.x. PMC 553041. PMID 6325158.
  9. ↑ Missiakas, D.; Georgopoulos, C.; Raina, S. "The Escherichia coli heat shock gene htpY: Mutational analysis, cloning, sequencing, and transcriptional regulation". Journal of Bacteriology. 175 (9). 1993: 2613–2624. doi:10.1128/jb.175.9.2613-2624.1993. PMC 204563. PMID 8478327.
  10. ↑ "E.coli lactose operon with lacI, lacZ, lacY and lacA genes GenBank: J01636.1". 2020-06-23 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2021-05-26.
  11. ↑ Firnberg, Elad; Labonte, Jason; Gray, Jeffrey; Ostermeir, Marc A. "A comprehensive, high-resolution map of a gene's fitness landscape". Molecular Biology & Evolution (ingilis). 31 (6). 2014: 1581–1592. doi:10.1093/molbev/msu081. PMC 4032126. PMID 24567513.
  12. ↑ Hecht, Ariel; Glasgow, Jeff; Jaschke, Paul R.; Bawazer, Lukmaan A.; Munson, Matthew S.; Cochran, Jennifer R.; Endy, Drew; Salit, Marc. "Measurements of translation initiation from all 64 codons in E. coli". Nucleic Acids Research (ingilis). 45 (7). 2017: 3615–3626. doi:10.1093/nar/gkx070. PMC 5397182. PMID 28334756.
  13. ↑ Elzanowski, Andrzej; Ostell, Jim. "The Genetic Codes". NCBI. 13 May 2011 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 29 March 2019.