Эстонияла мәктәп белеме тарихы XIII—XIV быуаттарҙа барлыҡҡа килгән тәүге монастырь һәм собор мәктәптәренән башлана.
Эстон телендә тәүге әлифба 1575 йылда нәшер ителә. Швеция короле Густав II Адольф тарафынан 1632 йылда нигеҙләнгән Тарту университеты — Эстонияның иң боронғо университеты булып тора. 1919 йылда университет курстары беренсе тапҡыр эстон телендә уҡыла башлай.
Эстонияның хәҙерге мәғарифы төп, һөнәри һәм өҫтөмә белемгә бүленгән. Мәғариф системаһы үҙ эсенә мәктәпкә тиклемге, башланғыс, урта һәм юғары белемле дүрт кимәлдәге системала нигеҙләнгән[1]. Мәктәптәрҙең һәм институттарҙың киң селтәре бар. Эстония мәғариф системаһы дәүләт, муниципаль, публик һәм шәхси уҡыу йорттарынан тора.
Хәҙерге ваҡытта Эстонияла 589 мәктәп иҫәпләнә[2].
Эстонияла юғары академик белем өс кимәлгә бүленә: бакалавриат, магистратура һәм докторантура. Ҡайһы бер һөнәрҙәрҙә (төп медицина белеме, ветеринария, фармацевтика, стоматология, инженерия архитектураһы һәм мәктәп уҡытыусыһы программаһы) бакалавр һәм магистр дәрәжәләре бер дәрәжәгә берләшкән[3]. Эстонияның асыҡ (публик) университеттары прикладной юғары уҡыу йорттарынан айырмалы рәүештә ҙур үҙ аллылыҡҡа эйә. Университеттар яңы уҡыу программаларын төҙөү, ҡағиҙәләр һәм шарттар раҫлаү, бюджетты раҫлау, үҫеш планын раҫлау, ректор һайлау һәм активтарға бәйле һорауҙарҙы сикләү хоҡуҡтарына эйә[4]. Эстонияла бер нисә асыҡ һәм шәхси университет бар. Илдең иң ҙур асыҡ университеттары: Тарту университеты, Таллин техник университеты, Таллин университеты, Ғүмер тураһында фән Эстония университеты, Эстония художестволы академияһы. Audentes халыҡ-ара университеты — иң ҙур шәхси университет булып тора.
Эстония Фәндәр академияһы дәүләт ҡарамағында тора. 1950-се йылдар аҙағында Тарту һәм Таллинда тәүге компьютер үҙәктәре асылғас Эстонияла IT-индустрия барлыҡҡа килә[5][6]