У гістарычных звестках Айнажы ўзгадваюцца ў 1564 годзе як невялікае паселішча ліваў. Хуткае развіццё пачалося ў 1870-х гг., калі тут быў пабудаваны марскі порт, а так сама карабельная верф. У 1864 годзе тут была адкрытая карабельная школа, у якой вучыліся дзеці эстонскіх і латышскіх сялян. Школа дзейнічала амаль 50 гадоў, пакуль не была зруйнавана пад час Першай сусветнай вайны.
У 1919 годзе латышскае войска выбіла немцаў з Айнажы. Пасля заканчэння Першай сусветнай вайны паселішча было далучана да Латвіі, нягледзячы на тое, што большасць насельніцтва з’яўлялася эстонцамі. У часы незалежнасці Латвіі (1919 — 1940 гг.). Айнажы хутка развіваліся. У 1926 годзе паселішча атрымала статус горада. Пад час Другой сусветнай вайны горад быў значна разбураны і нягледзячы на тое, што порт быў часткова адноўлены пасля вайны, значнасць горада значна знізілася.
Да 1917 года горад меў назву Гайнаш (Haynasch ці Hainasch).