12 сакавіка1934 года будучы прэм’ер-міністрам Эстоніі ў паўнамоцтвах Дзяржаўнага старэйшыны ажыццявіў разам з Ёханам Лайданерам дзяржаўны пераварот. У выніку ваеннага перавароту было ўстаноўлена аўтарытарнае кіраванне і абвешчана аб стане надзвычайнага становішча. Пятс быў абвешчаны Дзяржаўным пратэктарам Эстоніі (Riigihoidja). Усе палітычныя партыі былі забаронены, ўведзеная цэнзура прэсы. Сваімі дзеяннямі Пятс не дапусціў перамогі на выбарах вапсаў (ветэранаў Вызваленчай вайны) — вельмі правага руху, які арыентаваўся на таталітарныя рэжымы тагачасных Італіі і Германіі. У 1938 быў абраны прэзідэнтам.
Пятс страціў уладу ў чэрвені 1940 года ў перыяд правядзення мерапрыемстваў па далучэнні Эстоніі да СССР. Ён быў арыштаваны савецкімі ўладамі і дэпартаваны разам з сям’ёй у ссылку ў горад Уфа ў канцы ліпеня 1940 года — яшчэ да афіцыйнага далучэння дзяржавы да СССР, якое адбылося 6-га жніўня таго ж года. Пазней ён быў пасаджаны ў турму без прад’яўлення абвінавачвання. Толькі ў 1952 Пятсу абвесцілі прысуд — 25 гадоў пазбаўлення волі.