Упершыню паселішча згадваецца ў 1311 годзе (у прускіх хроніках згадваецца пад назвай Salsniken ці Saletzniken), калі паселішча было захоплена і зруйнавана ордэнскім войскам з 150 рыцараў і 2 тысяч пяхоты пад кіраўніцтвам ордэнскага комтура Генрыха. Немцы захапілі вялікую здабычу і 700 палонных. Напады на паселішча войска Тэўтонскага ордэна здзяйсняла ў 1378, 1382 і 1394 гадах.
З XIV стагоддзя паселішча належала Глябовічам. У 1410 годзе быў пабудаваны першы касцёл. У 1523 годзе Глябовічы перадалі Салечнікі мясцовай каталіцкай парафіі. У гэты час у паселішчы існавала пратэстанцкая капліца і яўрэйскі малітоўны дом.
Жыхары паселішча ўзялі актыўны ўдзел у паўстанні 1830—1831 гадоў. Паўстанцы з Салечнікаў змагаліся пад кіраўніцтва Людвіка Нарбута змагаліся з расійскімі войскамі. Пасля скасавання прыгоннага права ў 1861 годзе Салечнікі пачалі хутка развівацца. Асаблівы штуршок у развіцці горада адбыўся пасля 1882 года, калі праз Салечнікі прайшла чыгунка.
25 сакавіка 1918 года згодна з Трэцяй Устаўной граматай Салечнікі абвешчаны часткай Беларускай Народнай Рэспублікі[8]. З 27 лютага 1919 года — у ЛітБел ССР. Пазней пад кантролем войскаў Літвы. З 1922 года Салечнікі як частка Сярэдняй Літвы трапілі ў склад Польскай Рэспублікі. У 1929 годзе тут жыло 587 чалавек, да 1939 года насельніцтва павялічылася да 844 чалавек. У верасні 1939 года заняты савецкімі войскамі і ў лістападзе далучаны да Беларускай ССР. 1—2 кастрычніка 1940 года Салечнікі былі перададзены Літоўскай ССР. З 22 чэрвеня 1941 года да першай паловы ліпеня 1944 года пад акупацыяй Германіі.
Статус горада Салечнікі атрымалі ў 1956 годзе, а ў 1972 годзе сюды быў перанесены з Эйшышкаў цэнтр раёна.