Нарадзіўся на тэрыторыі цяперашняга Самалі. Выступаў за незалежнасць Джыбуці ад Францыі і супраць далучэння да Самалі. Пасля выбараў 1958, на якіх партыя Рэспубліканскі саюз, якая выступала за аб’яднанне з Самалі, пацярпела паразу, Аптыдон стаў віцэ-старшынёй Урадавага савета, а ў красавіку 1959 быў абраны прадстаўляць Джыбуці ў Нацыянальным сходзе Францыі. У 1963—1967 ён быў міністрам адукацыі, а ў маі 1977 стаў прэм’ер-міністрам краіны, а 27 чэрвеня Джыбуці атрымала незалежнасць, пасля чаго Аптыдон стаў прэзідэнтам, да ліпеня таксама застаючыся прэм’ер-міністрам.
У 1981 Аптыдон абвясціў аднапартыйны рэжым, калі стаў на чале адзінай партыі Народны рух за прагрэс, і пераабіраўся на пасаду прэзідэнта як адзіны кандыдат. Нягледзячы на жорсткія метады кіравання ў палітычным жыцці, эканоміка Джыбуці расла. У 1991 у краіне адбылася грамадзянская вайна з апазіцыйнымі сіламі, і ў верасні 1992 Аптыдон правёў рэферэндум, які ўхваліў шматпартыйны лад краіны з не больш чым чатырма палітычнымі сіламі. Тым не менш, яго партыя атрымала ўсе месцы ў парламенце, а сам Аптыдон у наступным годзе быў пераабраны на чарговы шасцігадовы тэрмін, атрымаўшы 60,7 %. У 1990-я месца ў эканоміцы Джыбуці пачаўся рэзкі спад, што падштурхнула Аптыдона да вырашэння назваць сваім пераемнікам на прэзідэнцкай пасадзе свайго пляменніка Ісмаіла Амара Геле, які быў абраны ў 1999.