Эжарэліс заснаваны ў 1918 годзе, калі ў наваколлі пачалася здабыча торфу ў Эжарэліскім (Ажарэліскім) балоце, ад балота назва горада. З 1918 года ў складзе Літвы.
З 1940 года ў Літоўскай ССР. У 1956 годзе Эжарэліс атрымаў статус горада.
З 1990 года ў складзе адноўленай незалежнай Літвы.