ChEMBL

ChEMBL
Уеб адресwww.ebi.ac.uk/chembl/

ChEMBL или ChEMBLdb е ръчно подбрана химическа база данни за биоактивни молекули със свойства, предизвикващи лекарства.[1] Поддържа се от Европейския институт по биоинформатика (EBI) при Европейската лаборатория по молекулярна биология (EMBL), базирана в Wellcome Trust Genome Campus, Хинкстън, Обединеното кралство.

Базата данни, първоначално известна като StARlite, е разработена от биотехнологичната компания Inpharmatica Ltd., по-късно придобита от Galapagos NV. Данните са получени за EMBL през 2008 г. с грант от Wellcome Trust,[2] което води до създаването на групата по хемогеномика на ChEMBL в EMBL-EBI, ръководена от Джон Овърингтън.[3][4]

Обхват и достъп

[редактиране | редактиране на кода]

Базата данни ChEMBL съдържа данни за биоактивността на съединенията срещу лекарствени цели. Биоактивността се отчита в Ki, Kd, IC50 и EC50.[5] Данните могат да бъдат филтрирани и анализирани, за да се разработят библиотеки за скрининг на съединения за идентифициране на водещи по време на откриване на лекарства.[6]

ChEMBL версия 2 (ChEMBL_02) е пусната през януари 2010 г., включва 2,4 милиона измервания на биоанализа, обхващащи 622 824 съединения, включително 24 000 естествени продукта. Това е получено от курирането на над 34 000 публикации в дванадесет списания по медицинска химия. Обхватът на наличните данни за биоактивност на ChEMBL се разрастваа, за да стане „най-изчерпателната база данни, виждана някога публично“.[3] През октомври 2010 г. е пусната ChEMBL версия 8 (ChEMBL_08) с над 2,97 милиона измервания на биоанализа, обхващащи 636 269 съединения.

ChEMBLdb може да бъде разгледана чрез уеб интерфейс или изтеглена чрез File Transfer Protocol. Базата данни е форматирана по начин, подходящ за компютъризирано извличане на данни, и се стреми да стандартизира дейностите между различни публикации, за да позволи сравнителен анализ.[1] ChEMBL също е интегрирана в други широкомащабни ресурси за химия, включително PubChem и системата ChemSpider на Кралското химическо дружество.

Свързани ресурси

[редактиране | редактиране на кода]

В допълнение към базата данни групата ChEMBL разработва инструменти и ресурси за извличане на данни.[7]

Вижте също

[редактиране | редактиране на кода]

Източници

[редактиране | редактиране на кода]
  1. ↑ а б Gaulton, A. ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery // Nucleic Acids Research 40 (Database issue). 2011. DOI:10.1093/nar/gkr777. с. D1100-7.
  2. ↑ Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome // wellcome.ac.uk. 18 January 2010. Посетен на 31 August 2019.
  3. ↑ а б Bender, A. Databases: Compound bioactivities go public // Nature Chemical Biology 6 (5). 2010. DOI:10.1038/nchembio.354. с. 309.
  4. ↑ Overington J. ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr // J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4). April 2009. DOI:10.1007/s10822-009-9260-9. с. 195–8.
  5. ↑ Mok, N. Yi и др. Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library // J. Chem. Inf. Model. 51 (10). Oct 24, 2011. DOI:10.1021/ci200260t. с. 2449–2454.
  6. ↑ Brenk, R и др. Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases // ChemMedChem 3 (3). Mar 2008. DOI:10.1002/cmdc.200700139. с. 435–44.
  7. ↑ Bellis, L J. Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery. // Biochemical Society Transactions 39 (5). 2011. DOI:10.1042/BST0391365. с. 1365–1370.

Външни препратки

[редактиране | редактиране на кода]
  • ChEMBLdb
  • Блогът за отворени данни и откриване на лекарства на ChEMBL-og, управляван от екипа на ChEMBL.
  Тази страница частично или изцяло представлява превод на страницата ChEMBL в Уикипедия на английски. Оригиналният текст, както и този превод, са защитени от Лиценза „Криейтив Комънс – Признание – Споделяне на споделеното“, а за съдържание, създадено преди юни 2009 година – от Лиценза за свободна документация на ГНУ. Прегледайте историята на редакциите на оригиналната страница, както и на преводната страница, за да видите списъка на съавторите. ​

ВАЖНО: Този шаблон се отнася единствено до авторските права върху съдържанието на статията. Добавянето му не отменя изискването да се посочват конкретни източници на твърденията, които да бъдат благонадеждни.​