ভেষজ উদ্যান হচ্ছে এমন একধরনের বাগান যাতে শুধু ঔষধি উদ্ভিদ লাগানো হয়। এই বাগানগুলো থেকেই পরে উদ্ভিদ উদ্যানের সূচনা হয়।
আধুনিক উদ্ভিদ উদ্যানগুলোর পূর্বসূরি ছিল মধ্যযুগীয় ভেষজ উদ্যান যা সম্রাট শার্লেমাইন এর আমলে প্রথম সৃষ্ট হয়। বর্তমানকালের উদ্যানগুলো নানা ভাগে বিভক্ত থাকে, যার একটি অংশে থাকে ভেষজ উদ্ভিদ, এই অংশের নাম ভেষজ উদ্যান বা হারবুলারিস বা হরতাস মেডিকাস (herbularis or hortus medicus) । পোপ পঞ্চম নিকোলাস ভ্যাটিকান এর কিছু জমিতে আলাদা করে ভেষজ উদ্যান গড়ে তোলেন, যা উদ্ভিদবিজ্ঞানের শিক্ষাকে উৎসাহিত করে। এই উদ্ভিদ উদ্যানই পরবর্তীকালের ১৫৪০ এ নির্মিত পাদুয়া এবং পিসার বিশ্ববিদ্যালয়ের উদ্যানের অগ্রদূত। প্রথমদিকের উদ্ভিদ উদ্যানগুলো তৈরি হত চিকিৎসাশাস্ত্রের সাথে সম্পর্কিত ব্যক্তিদের তত্ত্বাবধানে। প্রকৃতিবিশারদ উইলিয়াম টার্নার কোলোন, ওয়েলস এবং ক্যু তে ভেষজ উদ্যান গড়ে তোলেন। তিনি কেমব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয়ে নিজ তত্ত্বাবধানে একটি ভেষজ উদ্যান গড়ে তোলার আবেদন জানিয়ে লর্ড বার্গলে কে চিঠিও লিখেছিলেন। ১৫৯৭ সালে ভেষজ বিশেষজ্ঞ জন জেরার্ড এর লেখা হারবাল, বা জেনারেল হিস্টোরি অফ প্ল্যান্টস কে বলা হয় ভেষজ উদ্যানের ক্যাটালগ। এতে প্রায় ১,০৩০ রকম ভেষজ উদ্ভিদের উল্লেখ আছে, এই সব উদ্ভিদ তার হলবর্নের ভেষজ উদ্যানে ছিল। ১৬৩২ সালে অক্সফোর্ডের উদ্যান গড়ে তুলেছিলেন ড্যানবির ১ম আর্ল, হেনরি ড্যানভারস, তার সাথে তত্ত্বাবধায়ক হিসেবে ছিলেন জ্যাকব বোবার্ট দ্য এল্ডার। এই উদ্যানের সূচনা হয়েছিল ওয়েস্টমিনিস্টারে, পরে একে চেলসিতে নিয়ে যাওয়া হয়। ঔষধ প্রস্তুতকারকেরা চেলসির ভেষজ বাগান তৈরি করেন ১৬৭৩ সালে। দ্য গার্ডেনারস ডিকশনারি এর লেখক ফিলিপ মিলার এই উদ্যানের পরিচালক ছিলেন। ১৬৭৬ সাল থেকে এডিনবরা বিশ্ববিদ্যালয়ের উদ্ভিদবিজ্ঞানের অধ্যাপকেরা এই বাগানের প্রতিরক্ষকের ("Keeper of the Physic Garden") দায়িত্ব পালন শুরু করেন। প্রথম দিকের কিছু ভেষজ উদ্যান হল: