হুগো জিন নামকরণ কমিটি

HGNC

চিত্র:HUGO Gene Nomenclature Committee logo.png
Content
বিবরণ	HGNC is responsible for approving unique symbols and names for human loci, including protein coding genes, RNA genes and pseudogenes, to allow unambiguous scientific communication.
Data types captured	Gene nomenclature
Organisms	Human
যোগাযোগ
গবেষণা কেন্দ্র	EMBL-EBI, UK;
Primary citation	Braschi et al. (2019)[১]
Access
ওয়েবসাইট	www.genenames.org www.genenames.org/news
Download URL	Statistics & Downloads Custom Downloads HGNC Biomart
Web service URL	rest.genenames.org
Tools
Web	HGNC Comparison of Orthology Predictions,[২][৩] Search
Miscellaneous
Curation policy	Yes

হিউগো জিন নামকরণ কমিটি (HGNC) হল হিউম্যান জিনোম অর্গানাইজেশন (HUGO)-এর একটি কমিটি যা মানব জিন নামকরণের মান নির্ধারণ করে। HGNC প্রতিটি পরিচিত মানব জিনের জন্য একটি অনন্য এবং অর্থবহ নাম অনুমোদন করে, যা বিশেষজ্ঞদের পরামর্শের ভিত্তিতে নির্ধারিত হয়।^[৪][৫] নামের পাশাপাশি, যা সাধারণত ১ থেকে ১০ শব্দের মধ্যে হয়, HGNC প্রতিটি জিনের জন্য একটি প্রতীক (সংক্ষিপ্ত অক্ষরের একটি দল) নির্ধারণ করে। একটি SI প্রতীকের মতো, একটি জিন প্রতীক একটি সংক্ষিপ্ত রূপের মতো কিন্তু এর চেয়েও বেশি, এটি একটি দ্বিতীয় অনন্য নাম যা দীর্ঘ নামের বিকল্প হিসেবে নিজেই দাঁড়াতে পারে। এটি নামের আদ্যক্ষরগুলির জন্য প্রয়োজনীয়ভাবে “দাঁড়ায় না”, যদিও অনেক জিন প্রতীক সেই উৎসকে প্রতিফলিত করে।

উদ্দেশ্য

সম্পূর্ণ জিন নাম এবং বিশেষ করে জিনের সংক্ষিপ্ত নাম ও প্রতীক প্রায়ই একটি একক জিনের জন্য নির্দিষ্ট নয়। একটি উল্লেখযোগ্য উদাহরণ হল CAP, যা ৬টি ভিন্ন জিনের যে কোনো একটির জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। (BRD4 ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১৩-১০-২৭ তারিখে </link>, CAP1 ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১৩-১১-০২ তারিখে </link>, HACD1 ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১৩-১০-০৭ তারিখে </link>, LNPEP ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১২-০৯-১৩ তারিখে </link>, SERPINB6 ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১৩-১০-০৮ তারিখে </link>, এবং SORBS1 ওয়েব্যাক মেশিনে আর্কাইভকৃত ২০১২-১০-১২ তারিখে </link>)

HGNC সংক্ষিপ্ত জিন নাম বা জিন প্রতীক, পূর্বে ব্যবহৃত বা প্রকাশিত প্রতীকের বিপরীতে, শুধুমাত্র একটি জিনের জন্য নির্দিষ্টভাবে বরাদ্দ করা হয়। এর ফলে কম প্রচলিত সংক্ষিপ্ত রূপগুলি নির্বাচিত হতে পারে, তবে এটি কোন জিনের উল্লেখ করা হয়েছে তা নিয়ে বিভ্রান্তি কমায়।

নামকরণের নির্দেশিকা

HGNC ২০২০ সালে তাদের সর্বশেষ মানব জিন নামকরণ নির্দেশিকা প্রকাশ করেছে। ^[৫] এগুলি সংক্ষেপে বলা যেতে পারে:^[৬]

1. জিন প্রতীকগুলি অবশ্যই অনন্য হতে হবে
2. প্রতীকগুলিতে শুধুমাত্র ল্যাটিন অক্ষর এবং আরবি সংখ্যা থাকতে হবে
3. প্রতীকগুলিতে বিরামচিহ্ন বা “G” (জিনের জন্য) থাকা উচিত নয়
4. প্রতীকগুলিতে তারা যে প্রজাতিতে এনকোড করা হয়েছে তার কোনও উল্লেখ থাকবে না, যেমন “H/h” (মানুষের জন্য)

HGNC উল্লেখ করেছে যে “জিন নামকরণ নতুন প্রযুক্তির সাথে বিকশিত হওয়া উচিত বরং সীমাবদ্ধ হওয়া উচিত নয়, যেমনটি কখনও কখনও ঘটে যখন ঐতিহাসিক এবং একক জিন নামকরণ সিস্টেমগুলি প্রয়োগ করা হয়।” ^[৭] HGNC নির্দিষ্ট লোকাস প্রকারগুলির জন্য নির্দেশিকাও জারি করেছে যেমন অন্তঃস্থ রেট্রোভাইরাল লোকাস,^[৮] কাঠামোগত বৈচিত্র্য ^[৯] এবং এবং নন-কোডিং RNA।^{[১০][১১][১২]}

নামকরণ পদ্ধতি

নতুন জিন নামকরণ বরাদ্দ করার সময়, HGNC সংশ্লিষ্ট মানব জিন সম্পর্কে প্রকাশিত লেখকদের সাথে ইমেলের মাধ্যমে যোগাযোগ করার চেষ্টা করে এবং প্রস্তাবিত নামকরণের প্রতি তাদের প্রতিক্রিয়া চাওয়া হয়। HGNC সংশ্লিষ্ট মাউস এবং ইঁদুর জিনোমিক নামকরণ কমিটি, অন্যান্য ডাটাবেস কিউরেটর এবং নির্দিষ্ট জিন পরিবার বা জিন সেটের জন্য বিশেষজ্ঞদের সাথে সমন্বয় সাধন করে।

রিভিশন

জিন নাম সংশোধন প্রক্রিয়া নামকরণ প্রক্রিয়ার মতোই, তবে ঐকমত্য প্রতিষ্ঠার পরে একটি মানক জিন নাম পরিবর্তন করা বিভ্রান্তি সৃষ্টি করতে পারে, তাই এর গুরুত্ব বিতর্কিত। এই কারণে, HGNC শুধুমাত্র তখনই একটি জিনের নাম পরিবর্তন করার লক্ষ্য রাখে যখন সেই পরিবর্তনের জন্য সেই জিনের উপর কাজ করা গবেষকদের সংখ্যাগরিষ্ঠের মধ্যে ঐকমত্য পৌঁছানো যায়।

এছাড়াও দেখুন

 

তথ্যসূত্র

1. Braschi B, Denny P, Gray K, Jones T, Seal R, Tweedie S, ও অন্যান্য (জানুয়ারি ২০১৯)। "Genenames.org: the HGNC and VGNC resources in 2019"। Nucleic Acids Research। 47 (D1): D786–D792। ডিওআই:10.1093/nar/gky930। পিএমআইডি 30304474। পিএমসি 6324057 । 
2. Wright MW, Eyre TA, Lush MJ, Povey S, Bruford EA (নভেম্বর ২০০৫)। "HCOP: the HGNC comparison of orthology predictions search tool"। Mammalian Genome। 16 (11): 827–8। এসটুসিআইডি 1091618। ডিওআই:10.1007/s00335-005-0103-2। পিএমআইডি 16284797। 
3. Eyre TA, Wright MW, Lush MJ, Bruford EA (জানুয়ারি ২০০৭)। "HCOP: a searchable database of human orthology predictions"। Briefings in Bioinformatics। 8 (1): 2–5। ডিওআই:10.1093/bib/bbl030। পিএমআইডি 16951416। 
4. "About the HGNC | HUGO Gene Nomenclature Committee"। ২০২৩-০৩-২৬ তারিখে মূল থেকে আর্কাইভ করা। সংগ্রহের তারিখ ২০১৮-০৩-২৩। 
5. Bruford, Elspeth A.; Braschi, Bryony (আগস্ট ২০২০)। "Guidelines for human gene nomenclature": 754–758। ডিওআই:10.1038/s41588-020-0669-3। পিএমআইডি 32747822 |pmid= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)। পিএমসি 7494048  |pmc= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)।  উদ্ধৃতি ত্রুটি: <ref> ট্যাগ বৈধ নয়; আলাদা বিষয়বস্তুর সঙ্গে "bruford" নামটি একাধিক বার সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে
6. "HGNC Guidelines | HUGO Gene Nomenclature Committee"। www.genenames.org। সংগ্রহের তারিখ ২৬ এপ্রিল ২০২১। 
7. Shows TB, McAlpine PJ, Boucheix C, Collins FS, Conneally PM, Frézal J, Gershowitz H, Goodfellow PN, Hall JG, Issitt P, Jones CA, Knowles BB, Lewis M, McKusick VA, Meisler M, Morton NE, Rubenstein P, Schanfield MS, Schmickel RD, Skolnick MH, Spence MA, Sutherland GR, Traver M, Van Cong N, Willard HF (১৯৮৭)। "Guidelines for human gene nomenclature. An international system for human gene nomenclature (ISGN, 1987)": 11–28। ডিওআই:10.1159/000132471। পিএমআইডি 3507270। পিএমসি 7494048  |pmc= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)। 
8. Mayer J, Blomberg J, Seal RL (মে ২০১১)। "A revised nomenclature for transcribed human endogenous retroviral loci": 7। ডিওআই:10.1186/1759-8753-2-7 । পিএমআইডি 21542922। পিএমসি 3113919 । 
9. Seal RL, Wright MW, Gray KA, Bruford EA (মে ২০১৩)। "Vive la différence: naming structural variants in the human reference genome": 12। ডিওআই:10.1186/1479-7364-7-12 । পিএমআইডি 23634723। পিএমসি 3648363 । 
10. Wright MW, Bruford EA (জানুয়ারি ২০১১)। "Naming 'junk': human non-protein coding RNA (ncRNA) gene nomenclature": 90–8। ডিওআই:10.1186/1479-7364-5-2-90 । পিএমআইডি 21296742। পিএমসি 3051107 । 
11. Wright MW (এপ্রিল ২০১৪)। "A short guide to long non-coding RNA gene nomenclature": 7। ডিওআই:10.1186/1479-7364-8-7 । পিএমআইডি 24716852। পিএমসি 4021045 । 
12. Seal R, Chen L, Griffiths-Jones S, Lowe TM, Mathews MB, O'Reilly D, Pierce AJ, Stadler PF, Ulitsky I, Wolin SL, Bruford EA (ফেব্রু ২০২০)। "A guide to naming human non-coding RNA genes": e103777। ডিওআই:10.15252/embj.2019103777। পিএমআইডি 32090359 |pmid= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)। পিএমসি 7073466  |pmc= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)। 

বাহ্যিক লিঙ্ক

 

• HGNC হোমপেজ
• HUGO হোমপেজ