Crnogorska pravoslavna crkva sa sjedištem u prijestolnici Cetinje obnovljena je 31. oktobra 1993. godine, nakon što je stvarno 1918. a službeno 1920. godine bila ukinuta kao dotad kanonski autokefalna, samostalna pravoslavna crkva . Tada neovisna Kraljevina Crna Gora je, nakon što je Podgorička skupština okupljena pod zaštitom srpske vojske donijela odluku o prisajedinjenju Crne Gore Srbiji, anektirana unutar nove državne tvorevine Kraljevina SHS. Crnogorska pravoslavna crkva je tada prestala postojati i Srpska pravoslavna crkva sa sjedištem u Beogradu je pripojila svojoj organizacionoj strukturi i time svela na rang jedne od par desetina podređenih eparhija.
Za pravoslavlje postoji praksa da svaki pravoslavni narod, ukoliko je kao dominantan na jednom teritoriju stekao državnu neovisnost, po pravilu ima pravo oformiti svoju crkvenu autokefalnost. Pravoslavne crkve djeluju unutar jedinstvene vjerske dogme, ali su, organizaciono ustrojene linijama koje se poklapaju s granicama suverenih država. Sada postoje Ruska, Rumunska, Grčka, Bugarska, Ukrajinska, Srpska itd. autokefalna crkva. Izutetak su autokefalne ranohrišćanske crkve, poput Jerusalimske, Koptske i Antiohijske crkve, a tu je i Carigradski vaseljenski patrijarhat ( saziva Vaseljenski sabor ). Na čelu neke autokefalne pravoslavne crkve je obično patrijarh, a ponegdje arhiepiskop i/ili mitropolit.
U Crnoj Gori postoji nekoliko vijekova tradicija da je na čelu crkve autokefalni mitropolit.
Crnogorska pravoslavna crkva je faktički bila autokefalna od ukidanja srpske Pećke patrijaršije 1766. Praktično ni dotad, ali od toga vremena posebno, niko nije imao kanonske juruisdikcije da se miješa u crkveni život crnogorskih pravoslavaca, a svoga duhovnog poglavara Crnogorci su sami birali na Opštecrnogorskom zboru - jednoj vrsti predstavničke narodne skupštine koja se ispred Cetinjskog manastira održavala povodom donošenja najvažnijih odluka.
Samostalno biranje vrhovnog vjerskog poglavara (arhipastira) jeste glavni znak raspoznavanja neke autokefalne crkve.
Crnogorski crkveni poglavari ujedno su bili i političke vođe tadašnje crnogorske države iz dinastije Petrovića. Mitropolit Petar I. Petrović (Sveti Petar Cetinjski) i Petar II. Petrović Njegoš kao nasljedno dostojanstvo crnogorskih vladika su isticali bijele kamilavke (grčki: Kαμιλαυκα) koje po kanonima mogu ponijeti samo autokefalni pravoslavni poglavari.[1][2]
Carigradski patrijarhat, kao majka pravoslavne vaseljene (vaseljenski patrijarh je, kao “prvi među jednakima”, najviši dostojanstvenik Pravoslavne crkve) , je i izričito, službeno, sa stanovišta kanona, priznao autokefalnost Crnogorske pravoslavne crkve. U službenom dokumentu - Katalog autokefalnih pravoslavnih crkava Sintagma koji je, po odobrenju Carigradske patrijaršije, objavljen u Atini 1855. godine pod rednim brojem 9. navodi se Crnogorska pravoslavna crkva kao autokefalna.
Od 1904. godine Crnogorska pravoslavna crkva imala je svoj Sveti Sinod [3] (Sinod je najviši crkveni organ upravljanja koji mogu imati samo autokefalne crkve).
Čitav niz legislativnih akta svjedoči o ustrojstvu i funkcioniranju Crnogorske pravoslavne crkve. U tom pogledu od fundamentalne važnosti je spomenuti: Ustav Svetog Sinoda u Knjaževini Crnoj Gori (1903.); Ustav pravoslavnih konsistorija u Knjaževini Crnoj Gori (1904.); Zakon o parohijskom sveštenstvu (1909.). Status Crnogorske pravoslavne crkve reguliran je i državnim Ustavom Knjaževine Crne Gore koji je usvojen na Nikoljdan 1905. godine.
U državnom Ustavu Knjaževine Crne Gore 1905. godine bilo je normirano u članu 40. sljedeće: "Državna vjera je u Crnoj Gori istočno pravoslavna. Crnogorska je crkva autokefalna. Ona ne zavisi ni od koje strane Crkve, ali održava jedinstvo u dogmama s istočno pravoslavnom Vaseljenskom crkvom. Sve ostale priznate vjeroispovijesti slobodne su u Crnoj Gori".
Crnogorska autokefalnost bila je prije 1918. općepoznata činjenica, o njoj 1911. godine piše, u posebnoj natuknici, i Enciklopedija Britannica.[4]
Prvi poglavar obnovljene Crnogorske pravoslavne crkve bio je vikarni episkop Antonije Abramović, što je naišlo na bjesne reakcije srpskog klira (najviši crkveni organi). Nakon Antonijeve smrti 1996. za novog poglavara na Badnji dan 1997. godine pravoslavni Crnogorci su izabrali dotadašnjeg pravoslavnog paroha Carigradske patrijaršije u Rimu arhimandrita Miraša Dedeića. On je rukopolaganjem za episkopa dobio crkveno ime mitropolit Mihailo.
U Sabornom hramu Svete Paraskeve u Sofiji, Mihailo je 1998. kanonski rukopoložen za episkopa Crnogorske pravoslavne crkve. Hirotoniju je izvršio patrijarh Bugarske pravoslavne crkve patrijarh Pimen. Rukopolaganju Mihaila za episkopa obnovljene Crnogorske pravoslavne crkve sasluživali su Inokentije, mitropolit sofijski, Genadij, mitropolit dorostolski i još pet episkopa i četiri svećenika. Ta hirotonija imala je podršku i blagoslov Ukrajinske pravoslavne crkve.
Poglavar Crnogorske pravoslavne crkve ima titulu: Arhiepiskop cetinjski i Mitropolit crnogorski.
Proces obnove Crnogorske pravoslavne crkve početkom 1990-ih bio je važan temelj nacionalne samospoznaje Crnogoraca i stremljenja ka obnovi državne neovisnosti do čega je i došlo u maju 2006. godine.
Konkurentska Srpska pravoslavna crkva, čije je sjedište u Patrijaršiji u Beogradu i koja preko Mitropolije crnogorsko-primorske na Cetinju djeluje u Crnoj Gori, iz političkih se razloga žestoko opire obnovi Crnogorske pravoslavne crkve.
Na čelu srpske Mitropolije u Crnoj Gori od 1990. je mitropolit Amfilohije (svjetovno ime Risto Radović). On je 1990-ih i kasnije bio istaknuti djelatnik nacionalističkih napada na Bosnu i Hercegovinu i Republiku Hrvatsku[5]
Autori bliski srpskim crkvenim krugovima pokušavaju osporiti kanonsku utemeljenost crnogorske autokefalije u prošlosti.
Srpska pravoslavna crkva, identificirajući pravoslavlje sa srpstvom (pripadnošću srpskoj naciji), sistemski negira nacionalnu i kulturnu posebnost pravoslavnih Crnogoraca.
Tokom 1990-ih su pravoslavni crnogorski sveštenici i vjernici, bili su na meti uzavrele javne kampanje s bacanjem anatema i policijskim saslušanjima. Kampanju su organizirali tadašnja promiloševićevska vlast Republike Crne Gore, te Vojska SRJ i njena kontraobavještajna služba KOS u dosluhu sa Srpskom pravoslavnom crkvom radi odvraćanja "autokefalista" od posla na obnavljanju crnogorske crkvene samostalnosti.
Do januara 2000. godine Crnogorska pravoslavna crkva nije mogla dobiti status pravnog lica jer je vlast odbijala njenu registraciju. Te godine registrirana je u područnoj jedinici MUP-a Crne Gore na Cetinju na bazi Zakona o pravnom položaju vjerskih zajednica iz 1977. godine (“Sl. list SRCG”, br. 9/77, 26/77, 32/88), koji je, u nedostatku drugog pravnog akta, regulirao to područje. Do toga je došlo nakon brojnih protesta i nakon izvjesnih promjena političke konstelacije.
Ustav Crne Gore iz 2006. godine, usvojen nakon referenduma i međunarodnog priznanja crnogorske nezavisnosti, sada uopšte ne definira koja od dvije pravoslavne crkve ima jurisdikciju tako da se crkveno crnogorsko pitanje smatra još uvijek neriješenim.
Član 14. Ustava Crne Gore glasi: "Vjerske zajednice odvojene su od države. Vjerske zajednice su ravnopravne i slobodne u vršenju vjerskih obreda i vjerskih poslova" .
Posljednja eparhija (dijaceza) autokefalne Crnogorske pravoslavne crkve, premda je ona ukinuta formalno 1918-1920. godine, djelovala je u Detroitu, Sjedinjene Američke Države i 1923. obavljala bogosluženja.[6]
Sultan Mustafa III je 11. septembra 1766. godine beratom ukinuo srpsku Pećku patrijaršiju (koja kao sjedište Srpske pravoslavne crkve nikada nije obnovljena; Pećka patrijaršija je sada ženski srpski manastir).
Carigradski patrijarh Samuilo I Hanceris (1764-1780) isplatio je silne novčane dugove Pećke patrijaršije turskom sultanu, pa su teritorije pod njenom jurisdikcijom podređene Carigradskoj patrijaršiji, uključujući i teritoriju današnjee Republike Srbije.
Crnogorska crkva bila je i prije i poslije 1766. izvan kanonskog i stvarnog organizacionog ustrojstva i domašaja i Pećke i Carigradske patrijaršije.
Kod starijih izvora o crnogorskoj se autokefalnosti, među brojnim drugim, podaci mogu naći i u sljedećim dokumentima:
Od ranih 1990-ih, kada je akuelizirana tema crnogorske autokefalnosti, napisan je veliki broj knjiga, studija i rasprava ovu temu.