Informatika o mišjem genomu

Informatika o mišjem genomu
Raspon ekspresije integrin-regulirajućeg faktora Organizam: Mus musculus
Skraćenica	MGI
Datum osnivanja	1994.
Vrsta	Genomska baza podataka
Status	Aktivna
Cilj	Sveobuhvatno prikupljenje podataka o mišjem genomu
Glavno sjedište	Laboratorija Jackson
Jezik	Engleski
Veb-sajt	http://www.informatics.jax.org/expression.shtml

Informatika mišjeg genoma (MGI) je besplatna mrežna baza podataka i bioinformatički resurs, čiji domaćin je „Jacksomova laboratorija“ (The Jackson Laboratory), a finansiraju je Nacionalni institut za istraživanje ljudskog genoma (National Institute of Human Genome Research) (NHGRI), Nacionalni institut za kancer (National Institute of Cancer) (NCI) i Eunice Kennedy Shriver Nacionalni institut za dječje zdravlje i ljudski razvoj (Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development) (NICHD).^[1] MGI pruža pristup podacima o genetici, genomici i biologiji laboratorijskog miša, kako bi se olakšalo proučavanje ljudskog zdravlja i bolesti.^[2][3] Baza podataka integrira više projekata, s dva najveća doprinosa iz baze podataka genoma miša i baze podataka ekspresije mišjih gena (GXD).^[4] Od 2018., MGI sadrži nadgledane podatke iz preko 230.000 publikacija.^[5]

MGI resurs prvi put objavljen je na mreži 1994. i predstavlja zbirku podataka, alata i analiza stvorenih i prilagođenih za upotrebu kod laboratorijskih miševa, koji se široko se koriste kao modelni rganizmi. To je "autoritativni izvor službenih imena za mišje gene, alele i sojeve", koji slijede smjernice uspostavljene prema Međunarodnog komiteta za standardiziranu genetičku nomenklaturu za miša.^[6] Historija i fokus laboratorija za istraživanje i proizvodnju u laboratoriji Jackson stvara ogromno znanje i dubinu koju istraživači mogu iskoristiti da bi unaprijedili svoja istraživanja. Posvećena zajednica istraživača miševa širom svijeta takođe poboljšava i doprinosi znanju. Ovo je nezamjenjiv alat za svakog istraživača koji koristi miša kao modelni organizam za istraživanja i za istraživače zainteresirane za gene koji dijele homologiju s genima miša. Na web lokaciji MGI takođe su dostupni različiti resursi za podršku istraživanju miša, uključujući kolekcije životinja i besplatan softver za upravljanje kolonijama.^[7]

Baza podataka o mišjem genomu

Baza podataka o mišjem genomu
Struktura proteina integrin regulirajućeg faktora 1 protein, prema PDB[8]
Vrsta	Genomska baza podataka
Status	Aktivna
Cilj	Sveobuhvatno prikupljenje podataka o mišjem genomu
Glavno sjedište	Laboratorija Jackson (Jackson Laboratory)

Baza podataka o mišjem genomu prikuplja i obrađuje sveobuhvatne fenotipove i funkcionalne napomene za gene i alele Mus musculus.^[9] Ovo je projekat koji finansira NHGRI i koji doprinosi bazi podataka iz informatike mišjeg genoma.

Baza podataka o ekspresiji gena resurs je zajednice prikupljanja informacija o razvojnom izražavanju miša.^[10]

Također pogledajre

• Flybaza
• Baza podataka genoma pacova
• Baza podataka genoma Saccharomyces
• Wormbaza
• Xenbase
• Informativna mreža zebrice
• OMIM
• NCBI

Reference

1. "MGI-MGI Current Funding Support". jax.org. Pristupljeno 2. 6. 2015.
2. Shaw D (maj 2004). "Searching the Mouse Genome Informatics (MGI) resources for information on mouse biology from genotype to phenotype". Current Protocols in Bioinformatics. Chapter 1: Unit 1.7. doi:10.1002/0471250953.bi0107s05. ISBN 0471250953. PMC 5147750. PMID 18428715.
3. Qi D, Blake JA, Kadin JA, Richardson JE, Ringwald M, Eppig JT, Bult CJ (8–11 August 2005). Data integration in the mouse genome informatics (MGI) database. Computational Systems Bioinformatics Conference, 2005. Workshops and Poster Abstracts. IEEE. str. 37–8. doi:10.1109/CSBW.2005.48. ISBN 0-7695-2442-7.
4. "MGI-About the Mouse Genome Informatics database resource". jax.org. Pristupljeno 2. 6. 2015.
5. Law, M; Shaw, DR (2018). Mouse Genome Informatics (MGI) Is the International Resource for Information on the Laboratory Mouse. Methods in Molecular Biology. 1757. str. 141–161. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_7. ISBN 978-1-4939-7736-9. PMID 29761459.
6. Mouse Nomenclature Home Page, pristupljeno 28. 8. 2016
7. Ivica Letunic. "OpenHelix: Mouse Genome Informatics (MGI)". openhelix.com. Arhivirano s originala, 26. 12. 2017. Pristupljeno 2. 6. 2015.
8. 1if1.
9. Blake, Judith A.; Bult, Carol J.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Eppig, Janan T.; The Mouse Genome Database Group (Jan 2011). "The Mouse Genome Database (MGD): premier model organism resource for mammalian genomics and genetics". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D842-8. doi:10.1093/nar/gkq1008. PMC 3013640. PMID 21051359.
10. Finger, Jacqueline H; Smith Constance M; Hayamizu Terry F; McCright Ingeborg J; Eppig Janan T; Kadin James A; Richardson Joel E; Ringwald Martin (Jan 2011). "The mouse Gene Expression Database (GXD): 2011 update". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D835-41. doi:10.1093/nar/gkq1132. PMC 3013713. PMID 21062809.

Vanjski linkovi

• Bult, Carol J.; Blake, Judith A.; Smith, Cynthia L.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Mouse Genome Database Group (8. 1. 2019). "Mouse Genome Database (MGD) 2019". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D801–D806. doi:10.1093/nar/gky1056. ISSN 1362-4962. PMC 6323923. PMID 30407599.

• Mouse Genome Informatics home page
• Smith, Constance M.; Hayamizu, Terry F.; Finger, Jacqueline H.; Bello, Susan M.; McCright, Ingeborg J.; Xu, Jingxia; Baldarelli, Richard M.; Beal, Jonathan S.; Campbell, Jeffrey; Corbani, Lori E.; Frost, Pete J. (8. 1. 2019). "The mouse Gene Expression Database (GXD): 2019 update". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D774–D779. doi:10.1093/nar/gky922. ISSN 1362-4962. PMC 6324054. PMID 30335138.
• Mouse Genome Informatics Publications
• Tutorial from the Open Door workshop^{[mrtav link]}|date=April 2020 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}
• Gene eXpression Database (GXD)