Miksotrofija ( grč- mixis = mešavina + trophos = hranjivo) je termin koji opisuje sposobnost nekih organizama da apsorbiraju ugljik-dioksid asimilata kao i da se hrane organskim supstancama. Oni stoga nisu ni potpuni autotrofi niti kompletni heterotrofi; stoga mogu upravljati i fotosintezom ili hemosintezom, kao i česticama hrane (ili čitavim organizmima) koje potiču iz drugih organizama (fagotrofija) ili rastvorenih supstanci (osmotrofija).
Organizmi sa ovakvim načinom ishrane, označavaju se kao miksotrofi.
Ugljik dobijen iz suprotnih načina ihrane, autotrofije i heterotrofije, može biti vrlo promjenljiv; tako da postoje vrste koje dobijaju više ugljika iz autotrofije nego iz heterotrofije i, nasuprot tome, vrste koje ga dobijaju više iz heterotrofije. Miksotrofija, dakle, nije apsolutna, ali postoji kontinuirani spektar, od apsolutne autotrofije do apsolutne heterotrofije.
Miksotrofija garantira organizmima veću fleksibilnost u ishrani. Dodatni unos čestica hrane ([[fagotrofija]) ili rastvorenih supstanci (osmotrofija) može fotosintetski aktivnim organizmima omogućiti pristup hranjivim tvarima koje inače ne bi mogli koristiti. Prvenstveno heterotrofni organizmi sa sposobnošću da provode fotosintezu mogu na taj način rasti i razmnožavati se čak i u doba male učestalosti hrane.
Prema A. Mitra (2019),[3] mogu se razlikovati sljedeće četiri klase mikrosrofije:
(Klase 2 i 3 potpadaju pod generički naziv kleptoplasti).
Mixotrofni organizmi mogu se naći posebno u vodi; to su sve planktonski jednoćelijski organizmi. Primjeri su rodovi Euglena, paramecij (Paramecium bursaria i neke vrste algi, kao što su vrste rodova Chlamydomonas i Pfiesteria). Danas se čak i za više biljke, naprimjer šumske orhideje rodova Cephalanthera i Epipactis , pod mikroskopom, može dokazati prehrana u kojoj koriste gljive.