Morfologija (stgrč. μορφή - morfé = oblik + λόγος - lógos = riječ, nauka, znanje) je biološka nauka o oblicima i strukturama organizama i njihovih osobenih strukturnih obilježja.[1]
Ovo uključuje sve aspekte vanjskog izgleda (oblik, struktura, boja, veličina I druga svojstva), odnosno vanjsku morfologiju (ili eidonomiju), kao i oblik i strukturu unutrašnjih dijelova kao što su kosti i organi, odnosno unutrašnju morfologiju (ili anatomiju). Tu se razilazi sa fiziologijom, koja se prvenstveno bavi funkcijama orgsnizama i njihovih struktura. Morfologija je grana nsuka o životu, koja se bavi proučavanjem ukupne strukture organizama ili taksona i njihovih sastavnih dijelova, odnosno taksonomskih kategorija.[2]
Većina taksona morfološki se razlikuju od drugih. Tipski, usko srodni taksoni se razlikuju mnogo manje od onih u daljem srodstvu, ali postoje izuzeci od ovog. Kriptične vrste su one koja izgledaju vrlo slično, ili su možda naizgled čak i identične, ali su reprodukcijski izolirane. Nasuprot tome, ponekad nevezani taksoni steknu sličan izgled kao rezultat konvergentne evolucije ili čak mimikrije. Osim toga, mogu postojati morfološke razlika unutar jedne vrste, kao što je insekt Apoica flavissima, gdje su radnici znatno manji od kraljice. Dodatni problem u oslanjanju na morfološke podatke je da je ono što se može morfološki ispoljiti kao dvije različita vrste, može u stvari, prema analizi DNK, biti biti dokazano kao jedna vrsta. Značaj ovih razlika može ispitati pomoću alometrijskog inženjerstva u kojem se jedna ili obje vrste manipuliraju sa fenokopijama druge vrste.
Izum i razvoj mikroskopije omogućavaju posmatranje 3-D ćelijske morfologije i sa visokim prostornim i vremenskim rezolucijama. Dinamski procesi ovr ćelijske morfologije koja je pod kontrolom složenog sistema imaju važnu ulogu u poznavanju raznovrsnih važnih bioloških procesa, kao što su imunski i invazijski odgovori.[4][5]