Mutagen – u genetici – je svaki onaj fizički, hemijski i biološki agens koji mijenja genetički materijal na bilo kojoj razini negove strukture i organizacije. Mutageni faktori obično djeluju na razini molekula DNK organizma i tako povećavaju učestalost mutacija iznad prirodnog nivoa. Kao što mnoge mutacije mogu izazvati kancer, i mutageni isto tako mogu biti kancerogeni. Nisu sve mutacije uzrokovane mutagenima: takozvane "spontane mutacije" nastaju zbog nasumične hidrolize, grešaka u replikaciji DNK i njenom popravku i rekombinacijama.[1][2][3]
Prvi identificirani mutageni bili su kancerogeni, supstance koje su pokazivale da su povezane s rakom. Tumori su opisani više od 2000 godina prije otkrića hromosoma i DNK; 500 godina p. n. e. grčki ljekar Hipokrat tumore nalik raku nazvao je karkinos (iz čega je riječ "rak" izvedena preko latinskog), što znači "rakovi".[4]. Godine 1567. švicarski ljekar Paracelsus predložio je da neidentificirane supstance u rudama (identificirane kao radon u modernim vremenima) izazivaju atrofijske bolesti rudara.[5] U Engleskoj je John Hill prvi direktno ustanovio vezu između hemikalija i kancera 1761, zabilježivši da šmrkanje duhana može uzrokovati nosni kancer i upozorivši na neumjereno korištenje šmrkanja. Godine 1775. Percivall Pott napisao je rad o visokoj učestalosti raka skrotuma u dimnjačara i smatrao dimnjačku čađ uzrokom tog raka.
Godine 1915. Yamagawa i Ichikawa su pokazali da ponovljena primjena ugljenog katrana na ušima kunića producira maligni kancer.[6] Kasnije, tokom 1930-ih, karcinogene komponente ugljenog katrana identificirane su kao policiklični aromatski ugljikovodik (PAH) benzo(a)piren.[7][8] Poliaromatski ugljikovodici prisutni su u čađi, koji su prije 150 godina označeni kao uzročnici raka.
U sljedećoj fazi istraživanja mutacija i mutagena (1927–1939) razjašnjavane su razlike između rekombinacija i hemijskih mutagena, jer su dotad sve mutacije smatrane spontanim prirodnim pojavama. Prisutan je problem objašnjavanja utjecaja mutagenih X-zraka na pojavu i učestalost mutacija.
Otkriće hemijskih mutagena i početak upotrebe nekih mikroorganizama kao test-objekata obilježili su početak (1939–1953) savremene faze istraživanja mutagena i mutageneze. Uz njih, za razvoj istraživanja prirode utjecaja hemijskih mutagena na mutagenezu važno je uvođenje i vinske mušice (Drosophila melanogaster) kao modelnog organizma i u ovo područje genetičkih istraživanja.