Primarni metabolit je onaj metabolit koji je direktno uključen u normalan rast, razvoj i razmnožavanje. Obično obavlja svojstvenu fiziološku funkciju u organizmu. Primarni metabolit je obično prisutan u mnogim organima ili ćelijama. Nazivaju se i centralnim metabolitom koji ima još ograničenije značenje (prisutan u bilo kojoj autonomno rastućoj ćeliji ili organizmu). Neki uobičajeni primeri primarnih metabolita su: mliječna kiselina i izvesne aminokiseline.
Primarni metaboliti nemaju nikakva farmakološka djelovanja ili efekte. Suprotno tome, sekundarni metabolit nije direktno uključen u te procese, ali obično ima važnu [[ekologija|ekološku] funkciju (tj. relacijsku funkciju). Sekundarni metabolit je obično prisutan u taksonomsko ograničenom skupu organizama ili ćelija (biljke, gljive, bakterije itd.). Neki od uobičajenih primeri sekundarnih metabolita su: algot alkaloidi, antibiotici, naftaleni, nukleozidi, fenazini, kinolini, terpenoidi, peptidi i faktor rasta.
Regulatori rasta biljaka mogu se klasificirati i kao primarni i sekundarni metaboliti zbog njihove uloge u rastu i razvoju biljaka.[1][2][3][4] Neki od njih su intermedijari između primarnog i sekundarnog metabolizma.[5]