El club va néixer l'any 1995 per la fusió de Johanneksen Dynamo (fundat el 1980) i FC Norssi (fundat el 1985). Començà a tercera divisió (Kakkonen) els anys 1996 i 1997, i segona (Ykkönen) el 1998.[1] L'any 2000 assolí l'ascens a primera divisió i el guanyà la copa nacional.[2][3] Patí problemes econòmics l'any 2002 i acabà donant la seva plaça a primera divisió al club AC Allianssi. L'equip reserva (Atlantis Akatemia) adoptà el nom Atlantis FC continuant la seva trajectòria a segona el 2004. L'any 2014 jugava a la tercera divisió (Kakkonen).[4]