La biodegradació és el procés de degradació (o de transformació en substàncies més simples) de substàncies orgàniques per l'acció dels enzims produïts per microorganismes. Aquest procés pot fer-se
L'interès en la biodegradació de pol·luents s'ha intensificant en els últims anys, a causa del fet que hom lluita per trobar mètodes sostenibles per a netejar els entorns contaminats. Aquest mètodes de biotransformació i bioritme s'esforcen d'utilitzar la sorprenent diversitat catabòlica natural dels microorganismes per degradar, transformar o acumular una enorme quantitat de compostos inclús hidrocarburs (petroli), policlorurs de bifenils (PCBs), hidrocarburs aromàtics, substàncies farmacèutiques, radionúclids i metalls.
Exemples: