La biogeoquímica és la disciplina científica que estudia els processos i reaccions biològics, químics, físics i geològics, que regeixen la composició del medi natural (incloent-hi la biosfera, la criosfera, la hidrosfera, la pedosfera, l'atmosfera i la litosfera). En particular, la biogeoquímica estudia els cicles d'elements químics com el carboni, el nitrogen i el fòsfor, les seves interaccions i la incorporació en els éssers vius i el seu transport a través dels sistemes biològics a escala tant microscòpica com global. És a dir, la seva activitat se centra en els cicles dels elements químics que són conduïts per l'activitat biològica o hi tenen un impacte. La biogeoquímica és una ciència de sistemes relacionada estretament amb l'ecologia de sistemes.[1]
Inclou l'estudi de la distribució i de la migració dels elements químics presents en els organismes vius i, entre d'altres, en la necromassa que contribueix a la formació dels combustibles fòssils, a més d’altres processos geològics en què hi hagin intervingut els éssers vius. També l'estudi de l’activitat geoquímica dels organismes i de la regulació del metabolisme dels sistemes vius. (en biogeochemistry; es biogeoquímica; fr biogéochimique)[2]
La biogeoquímica s'inicia als segles XVIII–XIX en el període post-flogístic. Els primers treballs són els centrats en la meteorització i la importància dels organismes en l'intercanvi de diòxid de carboni entre les roques i l'atmosfera, van proporcionar les bases per a nous enfocaments analítics. El paper dels microbis en la connexió dels processos abiòtics i biòtics comença a sorgir, basat en gran manera en el coneixement existent de l'estequiometria en sòls i plantes agrícoles. Això, en part, condueix a la fundació de l'ecologia i els seus vincles amb l'evolució i la biogeografia.
El desenvolupament de la geoquímica orgànica com a disciplina, va permetre desenvolupar noves arrels en l'evolució de la biogeoquímica mitjançant enllaços entre cicles de carboni a curt i llarg termini.
Vladimir Verandsky (1863-1945) irromp al segle xx, amb els conceptes de biosfera i noosfera, a mesura que comencen a sorgir preocupacions sobre els impactes humans sobre la natura. S sorgeix una nova estequiometria interessant en biogeoquímica, relacionada amb la Revolució Verda, el creixement de la població humana i els problemes d'eutrofització. L'arribada d'experiments a llarg termini i a gran escala ajuda a limitar la complexitat de la no linealitat i les diferències regionals en els fluxos i les taxes en el treball biogeoquímic.
Al segle XXI comença una nova era en què els enfocaments moleculars combinats amb enfocaments des de de satèl·lits, monitoratge, presa de dades i observatoris a gran escala, es combinen en el desenvolupament de models del sistema terrestre. Aquestes noves connexions amb la genètica ecològica/evolutiva són un dels aspectes més preocupants i importants de la biogeoquímica en els temps moderns.[3]
Com que la biogeoquímica és altament interdisciplinària, hi participen un ampli rang d'especialistes de diversos camps científics com l'ecologia, la microbiologia, la geologia, la meteorologia, l'edafologia, la química ambiental i fins i tot l'oceanografia. En general, la biogeoquímica s'engloba dins de dos grans disciplines, les ciències de la Terra i les ciències ambientals, ambdues amb una forta component de treball al camp i a l'estudi de fenòmens i processos a llarg termini.[4]
La biogeoquímica marina s'ocupa d'estudiar la composició química de l'aigua de mar i les seves interfases amb l'atmosfera, la biosfera i la litosfera així com la influència de l'oceà en la composició química d'aquests ambients. També estudia els processos que afecten l'aigua, els elements i substàncies químiques dissoltes o particulades que s'hi troben en el seu interior i els fluxos de matèria i energia entre les diverses fases. Sovint, la biogeoquímica marina es confon amb l'Oceanografia química.