Nasqué a la ciutat de Forlì, fill de Giovanni Mercurialis, també metge, fou educat a Bolonya i Pàdua i Venècia, i es va doctorar en 1555. Fou enviat en missió política a Roma. El Papa en aquell moment era Pau IV.
Junt amb Vergeri i Vittorino da Feltre, culmina el moviment de renovació pedagògica que ocorregué al renaixement. La seua aportació més important consistí en la recuperació de les idees que Galé tenia en relació a la cura del cos humà, que junt a aportacions pròpies, retornà el valor que havia perdut durant l'edat mitjana, a l'activitat física com a mitjà per a conservar la salut.
Nomothesaurus, seu ratio lactandi infantes, Pàdua, 1552
De arte gymnastica seis tomos, Venècia, 1569, amb figures de Coriolan
Variarum lectionum cuatro tomos, Venècia, 1571; Bâle, 1576, ampliat amb un cinquè tom; Venècia, 1588 i següents, enriquit amb un sisè tom
Repugnantia quâ pro Galeno strenuè pugnatur, Venècia, 1572
Artis gymnasticae apud antiquos celeberrimae, nostris temporis ignoratae, libri sex. Venedig, 1569. Kritische Edition: Girolamo Mercuriale: De arte gymnastica. The Art of Gymnastics, Edizione critica a cura di Concetta Pennuto, traduït a l'anglès per Vivian Nutton, Florencia 2008 ISBN 978-88-222-5804-5
De morbis cutaneis, et omnibus corporis humani excrementis tractatus locupletissimi..., Venècia, 1572 edició de Paul Ricardi
De pestilentia, Venècia, 1577
De morbis puerorum tractatus locupletissimi..., Venècia, 1583
De venenis, et morbis venenosis tractatus locupletissimi..., Venècia, 1584
De morbis muliebribus libri, Venècia, 1587
De venenis, et morbis venenosis tractatus locupletissimi, Venècia, 1588
De morbis puerorum tractatus locupletissimi, Venècia, 1588
Commentarii eruditissimi in Hippocratis prognostica..., ou Prælectiones Pisanæ, Venècia, 1597
Variarum lectionum, in medicinae scriptoribus & aliis, libri sex, 1598
Medicina pratica, Francfort, 1601, ed. de Pierre de Spina
In omnes Hippocratis aphorismos prælectiones Patavinæ..., ed. de Maximilien Mercuriale, fill de Jérôme, Bolonya, 1619
In secundum librum epidemicorum Hippocratis prælectiones Bononienses, Forli, 1626