Müller era fill d'un sabater pobre i va ser preparat per a ser sacerdot catòlic. Quan tenia 18 anys es va orientar per les ciències naturals i la medicina,[2] entrà a la Universitat de Bonn el 1819 on es doctorà en medicina i després estudià a la Universitat de Berlín. On sota la influència de Hegel i de Rudolphi, va ser induït a la recerca en fisiologia seguint estrictament l'observació de la natura.
Müller va fer contribucions en nombrosos dominis de la fisiologia, en particular la comprensió de la veu, la conversa i el sentit de l'oïda. El seu primer treball important va ser, Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtsinns (“fisiologia comparada de la visió,” Leipzig, 1826) i Über die phantastischen Gesichtserscheinungen (“l'al·lucinació visual,” Coblença, 1826), són de tendència de la filosofia del subjecte.
Müller va ordenar els fets de recerques anteriors i va aplicar els descobriments en física i química.[3]
La seva obra magna, Handbuch der Physiologie des Menschen, (1833-1840) marcà l'inici d'un nou període en l'estudi de la fisiologia.
Aquest llibre va ser el principal llibre de text en fisiologia durant gran part del segle xix. Müller s'interessava en la filosofia del vitalisme i el rigor científic. Proposava que els organismes tenien una energia vital per la qual les lleis físiques no comptaven totalment.[4]
Edward Forbes F.R.S. en a seva A History of British Starfishes, and Other Animals of the Class Echinodermata (1841) es refereix a Muller com "un dels més grans fisiòlegs vius, Muller of Berlin".
En els darrers anys de la seva vida, es va dedicar a l'anatomia comparada. Especialment en peixos i invertebrats marins. Va fer 19 viatges al Bàltic, Mar del Nord i Mediterrani per investigar la vida en les aigües salades.
Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtssinns (1826)
Über die phantastischen Gesichtserscheinungen (1826)
Bildungsgeschichte der Genitalien (1830),on tracta del conducte de Müller
De glandularum secernentium structura penitiori (1830)
Beiträge zur Anatomie und Naturgeschichte der Amphibien (1832)
Der Tabak in geschichtlicher, botanischer, chemischer und medizinischer Hinsicht (Berlin, 1832)
Vergleichende Anatomie der Myxinoiden (1834–1843)
Ueber die organischen Nerven der erectilen männlichen Geschlechtsorgane.. . (Berlin, 1835)
Ueber den feineren Bau der krankhaften Geschwülste (“On the structural details of malignant tumors,” Coblenz, 1838), unfinished — a pioneering use of microscopical research in the investigation of pathological anatomy
Systematische Beschreibung der Plagiostomen (1841) with F. G. J. Henle
↑Asimov, Isaac. «Müller, Johannes Peter». A: Enciclopedia biográfica de ciencia y tecnología : la vida y la obra de 1197 grandes científicos desde la antigüedad hasta nuestros dias (en castellà). Nueva edición revisada. Madrid: Ediciones de la Revista de Occidente, 1973, p. 239. ISBN 8429270043.