La basílica fou construïda per voluntat del Papa Símmac (498-514)[1] a l'indret on Pancraç de Roma va morir màrtir als 14 anys, el 12 de maig del 304, durant el regne de Dioclecià, que va protagonitzar diverses persecucions als cristians. De fet, a l'església hi ha dues entrades molt estretes a les catacumbes, que donen testimoni de les dificultats de la vida dels cristians. A la primera meitat del segle vii, durant el pontificat del papa Onori I, la basílica va ser completament reconstruïda a fi que el sepulcre de sant Pancraç quedés exactament a sota de l'altar major.[2]
