Pramení na západních svazích vrchu Tábor (678 m n. m.), poblíž Lomnice nad Popelkou na okraji místní části Košov v nadmořské výšce okolo 565 m. Pod Jičínem středně až silně znečištěná. Velká rozkolísanost průtoků v průběhu roku. V nadmořské výšce 187 m u Libice nad Cidlinou se vlévá zprava do Labe. U soutoku s Labem se nalézá národní přírodní rezervace Libický luh, jež představuje největší souvislý komplex úvalového lužního lesa v Čechách (asi 500 ha), částečně narušený výstavbou dálnice D11.
Největším přítokem Cidliny, co se délky toku, plochy povodí a vodnosti týče, je řeka Bystřice. Druhým největším přítokem je řeka Javorka. Průměrná hustota říční sítě činí 0,95 km/km².[3] Celkově se v povodí Cidliny nachází 985 vodních toků v délce do jednoho kilometru a 377 vodních toků v délce 1 až 10 km.[1] Vodotečí dlouhých 10 až 20 km je v povodí celkem deset.[1] Vodní tok, který má délku mezi 20 až 40 km, je v povodí pouze jeden.[1] V délce 40 až 60 km není v povodí Cidliny ani jeden vodní tok.[1] Vodní toky delší než 60 kilometrů jsou v povodí dva.[1] Kromě samotné Cidliny je to ještě řeka Bystřice.
↑ abcdefZákladní charakteristiky toku Cidlina a jeho povodí [online]. [cit. 2015-12-11]. Dostupné online.
↑Hydrologický seznam podrobného členění povodí vodních toků ČR [online]. [cit. 2015-04-07]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2013-10-05.
↑HEIS VÚV T. G. M. – Hustota říční sítě Cidliny [online]. [cit. 2015-12-11]. Dostupné online.
↑ abHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 114) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 107) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑HEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 108) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑HEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 109) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 110) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abcHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 112) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑HEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 113) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abcHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 117) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 118) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abcHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 120) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abcHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 119) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abHEIS VÚV T. G. M. – Vodní toky (str. 123) [online]. [cit. 2015-11-06]. Dostupné online.
↑ abEvidenční list hlásného profilu stanice Sány [online]. [cit. 2015-10-16]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-06-30.
↑ abPovodí Labe – Zpráva o hodnocení množství povrchových vod (str. 95) [online]. [cit. 2015-10-16]. Dostupné online.
↑Evidenční list hlásného profilu stanice Jičín [online]. [cit. 2015-04-07]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-04-13.
↑Evidenční list hlásného profilu stanice Nový Bydžov [online]. [cit. 2015-04-07]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-04-13.
↑Evidenční list hlásného profilu stanice Chlumec nad Cidlinou [online]. [cit. 2015-04-07]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-04-13.
↑S.R.O, World Media Partners. Společná Cidlina. www.portalcidlina.cz [online]. [cit. 2020-03-26]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-01-15.