Současná gotická obdélníková podoba trojlodního kostela (původně bez samostatného presbytáře) se dvěma věžemi na západní pochází přestavbu kostela, kterou v roce 1339 inicioval pražský biskupJan IV. z Dražic (1250(51)–1343). Ve stavební činnosti pokračoval také jeho nástupce, první pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic (1297–1364). Znaky obou primasů se nacházejí na průčelí vstupu do chrámu: erb se třemi listy vinné révy patří Janovi IV. z Dražic, erb s přední půlkou koňského těla pak Arnoštovi z Pardubic.
Významným místním kazatelem byl od roku 1364 Jan Milíč z Kroměříže. Členem kapituly byl pravděpodobně i sv. Jan Nepomucký, který zde zřejmě působil v letech 1387–1388.
28. června 1432 střechu kostela zachvátil silný požár po úderu blesku. Silnému čtyřhodinovém požáru podlehla celá střecha a dokonce byly roztaveny zvony. V pravé-jižní věži dnes opět visí tři zvony, které byly po požáru znovu ulity v roce 1437 pražským zvonařem Jeronýmem. Největší z nich „Jiljí” vážící asi 2800 kg, je nejstarší zvon v Praze. Zvon „Dominik” pochází ze 17. století a zvon „Maria” byl nově vyroben teprve roku 1831. Dnešní charakteristická silueta chrámu nese stopy rekonstrukce z patnáctého století, protože pouze pravá věž byla v roce 1826 opravena, kdy dostala střechu v podobě jehlanu, zatímco levá věž již nebyla dokončena.
3. Oltář Panny Marie Růžencové (dříve sv. Dominika), obraz namaloval Emanuel Dítě, sochy vyřezal Matyáš Schönherr.
4. Oltář sv. Kříže má uprostřed gotický krucifix z počátku 15. století, sochy vytvořila dílna Františka I. Weisse roku 1740.
5. Oltář sv. Dominika, sochy jsou z dílny Františka I. Weisse z roku 1740. Ústřední socha byla doplněna v 19. století a nahradila sochu Panny Marie předávající růženec sv. Dominikovi.
6. Oltář sv. Tomáše Akvinského, titulní obraz je připisován Matěji Zimprechtovi[4], obraz Nejsvětější srdce Ježíšovo na predele namaloval Emanuel Dítě. Dvojice andílků po stranách obrazu sv. Alberta Velikého jsou dílem Jana Antonína Quitainera.
7. Oltář sv. Jana Nepomuckého, obraz světce bývá připisován Václavovi V. Reinerovi z roku 1661. Sošky v nástavci vytvořil Jan Antonín Quitainer, obraz sv. Ludmily je anonymní.
8. Oltář sv. Doroty (původně sv. Rozálie), titulní obraz i obraz sv. Růženy v nástavci jsou anonymní, sochy jsou od Matyáše Schönherra.
9. Oltář sv. Barbory, titulní obraz i obraz sv. Terezie v nástavci jsou anonymní, stejně jako menší obraz Panny Marie Pomocné před predelou, sochy vytvořil Matyáš Schönherr.
10. Oltář sv. Floriána, po stranách anonymního obrazu stojí sochy sv. Štěpána a sv. Vavřince. Sochy světců včetně Boha Otce s anděly v nástavci vytvořil Jan A. Quitainer v roce 1750-1751.
11. Oltář Bolestné Panny Marie, hlavní obraz Piety namaloval Jan Petr Molitor a obraz sv. Josefa s Ježíškem na predele Emanuel Dítě. Sochy sv. Máří Magdalény a sv. Jana Evangelisty včetně Vítězného Krista s anděly v nástavci vytvořil Jan A. Quitainer ve stejné době jako na oltáři předcházejícím.
12. Oltář sv. Vincence Fererrského, obraz namaloval Emanuel Dítě, na predele obraz sv. Zdislavy. Sochy evangelistů a andělů jsou dílem následovníka Ferdinanda M. Brokoffa z 50. let 18. století.
13. Oltář sv. Kateřiny Sienské, obraz je od Emanuela Dítěte z roku 1892. Sochařská výzdoba zahrnující sochy evangelistů Marka a Jana a andělů je dílem Ferdinanda Maxmiliána Brokoffa z doby kolem roku 1720.
Ostatní řezbářské práce
Kazatelna je rokoková, na stříšce socha Mojžíše s deskami Desatera, na poprsni reliéfy se novozákonními výjevy, všechny řezby vytvořil František I. Weiss roku 1753.
Varhanní skříň ozdobil sochami andílků a vázami František I. Weiss v roce 1736, doplněné sochami Panny Marie a Archanděla Gabriela ze Zvěstování na poprsni.
Richard Jiří Prachner vyřezal na konci 50. let 18. století sochy andílků se symboly Hříchu, Vykoupení, Smrti a Spasení na čtyři zpovědnice.
Malíř Václav Vavřinec Reiner byl pohřben roku 1743 před oltářem sv. Vincence, na podlaze se nachází snad jeho sešlapaný náhrobník s nečitelným nápisem.
Kašpar Lukšan z Luftenštejna je pohřben pod kruchtou, znakový náhrobek ze sliveneckého mramoru má letopočet 1604.
Náhrobník rodiny Hložků ze Žampachu s letopočtem 1661 je před oltářem sv. Václava.
Polní maršál Don Baltasar Marradas († po 1631) má znakový náhrobník s latinským nápisem v jižní kapli závěru
Advokát Jan Mořic Mráček má klasicistní mramorový náhrobek s portrétní bustou a reliéfem Génia smrti od sochaře Ludwiga Schwanthalera, nachází se na pravé straně před oltářem Panny Marie Růžencové.
↑ abPraha 1 - Staré Město, kostel sv. Jiljí [online]. Noc kostelů, 2014-5-23. Dostupné online.
↑VÁCHA, Štěpán; HEISSLEROVÁ, Radka. Ve stínu Karla Škréty: pražští malíři v letech 1635-1680: Antonín Stevens, Jan Bedřich Hess, Matěj Zimprecht. Vydání první. vyd. Praha: Academia 662 s. (Strategie AV21. Špičkový výzkum ve veřejném zájmu). ISBN978-80-200-2801-3.
↑Poche, Emanuel: Prahou krok za krokem. 2. vyd., Panorama Praha 1983, s. 179
KRATOCHVÍL, Josef V. Sv. Jiljí a jeho klášterní a farní chrám na Starém městě v Praze. Praha: Konvent dominikánů, 1926. Dostupné online. Stručný životopis sv. Jiljí. Dějiny kostela sv. Jiljí v Husově ulici na Starém městě pražském. Založení dominikánského řádu, jeho příchod do Čech a usazení v Praze. Památné budovy farního obvodu a náboženské organizace u sv. Jiljí..