Monofyletismus je stav skupiny organismů, ve kterém se skupina nachází, pokud zahrnuje příslušníky jediné fylogenetické linie. Monofyletismus je základním požadavkem na přirozené biologické taxony.
Opakem monofyletismu je polyfyletismus, stav, ve kterém se skupina nachází, pokud zahrnuje více než jednu fylogenetickou linii, jejichž společný předek není příslušník tohoto taxonu.
V současnosti existují dvě rozdílná pojetí monofyletismu.
Jako učebnicový příklad rozdílu mezi kladisticky pojatým monofyletismem (holofyletismem) a parafyletismem často slouží plazi. Ptáci patří do skupiny plazů, neboť jejich nejbližší žijící příbuzní jsou krokodýli, krokodýli jsou tedy s ptáky příbuzní více než s ostatními plazy, např. s hady.[2] Pokud budou do taxonu plazů zahrnuti i ptáci, je skupina holofyletická, neboť obsahuje všechny potomky předka. Pokud však ptáci v taxonu plazů zahrnuti nebudou, skupina neobsahuje všechny potomky, a je tudíž parafyletická.
Monofyletický taxon v kladistickém pojetí se ještě může dělit na různé části jako panmonofylum nebo korunovou skupinu.