Cristnogaeth yw'r drydedd chrefydd fwyaf o ran nifer o ddilynwyr (9.2% o'r boblogaeth) ym Maleisia.[1] Ymhlith yr enwadau a ddilynir mae Anglicaniaeth, Pabyddiaeth, ac enwadau Protestanaidd. Yn Sarawak mae mwyafrif yr Iban a'r Bidayuh, a hefyd lleiafrif o'r Melanau, yn Gristnogion. Yn Sabah, mae mwyafrif y Kadazan a'r Murut yn Gristnogion.[2]
Ceir tensiynau rhwng Islam, sef crefydd fwyafrifol y wlad, a'r crefyddau eraill ym Maleisia.[3] Er enghraifft, ni cheir crefyddau eraill defnyddio'r gair Allah am dduw, er taw dyna'r gair traddodiadol yn y Faleieg, ac yn 2014 cymerwyd Beiblau oddi ar Gymdeithas y Beibl am dorri'r ddeddf hon.[4]