Carl Friedrich Warnstorf (født 2. december 1837 i Sommerfeld, Lausitz, død 28. februar 1921 i Berlin) var en tysk botaniker, der især beskæftigede sig med mosser.
I forbindelse med et botanisk navn benyttes Warnst. som standardforkortelse (autornavn). Det er f.eks. autornavnet for Drepanocladus aduncus (Kær-Seglmos).
- Die europäischen Torfmoore. Eine Kritik und Beschreibung derselben, Berlin 1881; Les sphaignes d'Europe, Auch 1888; The European Sphagneaceae, London 1901.
- Die Torfmoose im Kgl. Botanischen Museum in Berlin. Eine bryologische Studie, Cassel 1882.
- Sphagnologische Rückblicke, Regensburg 1884.
- Moosflora der Provinz Brandenburg. Eine systematische Zusammenstellung der bisher in diesem Gebiet beobachteten Leber-, Torf- und Laubmoose, Berlin 1885.
- Leber- und Torfmoose, Leipzig 1903; Laubmoose, Leipzig 1906. (= Kryptogamenflora der Mark Brandenburg und angrenzender Gebiete, bd. 1 og 2).
- Sphagnales-Sphagnaceae (Sphagnales universalis), Leipzig 1911. (= Adolf Englers Pflanzenreich bd. 51); ND Weinheim 1958; Leipzig 1965; Vaduz 1976.
- Zur Bryo-Geographie des Russischen Reiches: Eine Erinnerung an Dr. E. Zickendraht, Dresden 1913.
- Bryophyta (Sphagnales, Bryales, Hepaticae). (= Die Süßwasserflora Deutschlands, Österreichs und der Schweiz, H. 14), Jena 1914. (med W. Mönkemeyer und V. Schiffner).
- Pottia-Studien als Vorarbeiten zu einer Monographie des Genus "Pottia Ehrh" sensstr., Dresden 1917.
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