Der Amiga 4000, ein Desktop-Computer, war eine technische Weiterentwicklung des Amiga 3000 und wurde Ende 1992 eingeführt. Es gab verschiedene Versionen des Rechners. Zunächst gehörte ein 25 MHz schneller Prozessor, der Motorola 68040, zur Grundausstattung. Wenig später folgten „Sparversionen“ mit einem 25-MHz-68030 (dieses Modell wurde dann Amiga 4000/EC30 getauft) und einem 68LC040. Sogar ein Amiga 4000 mit einem 68060-Prozessor war geplant; dieses Modell mit der Bezeichnung Amiga 4000/060 wurde jedoch in Deutschland nicht mehr ausgeliefert. In den USA lieferte Quikpak, der USA-Vertrieb des Unternehmens Amiga Inc., den Amiga 4000T auch mit einem 68060 aus, wegen des erneuten Konkurses jedoch nicht mehr in Europa.
Die große Neuerung des Amiga 4000 war der neue Grafikchipsatz AGA (in Deutschland AA genannt), der einen deutlichen Fortschritt gegenüber dem ECS Chipsatz des Vorgängermodells bedeutete.
Der Amiga 4000T (im Tower-Gehäuse) erschien 1993 und war das letzte Modell, das Commodore vor der Liquidierung auf den Markt bringen konnte. Lediglich 200 Exemplare sollen damals ausgeliefert worden sein. Amiga Technologies legte den Amiga 4000T später nahezu unverändert neu auf.
ATA-Interface (Name = scsi.device), das SCSI-Interface wurde gestrichen (beim A4000T jedoch wieder eingebaut)
3,5-Zoll-HD-Disketten-Laufwerk (Amiga-Format 1,76 MB, dies aber nur bei halbierter Umdrehungszahl, mit mitgeliefertem Treiber kompatibel zu PC-üblichen 1,44-MB-Disketten)
Die CPU wurde bei den späteren Versionen des A4000 und im A4000T nicht mehr direkt auf dem Mainboard aufgelötet. Stattdessen saß sie auf einer Prozessorkarte, welche sich im CPU Slot befand. Dieser CPU Slot war auch bei Amigas mit aufgelötetem Prozessor vorhanden und ermöglichte so den Einsatz schnellerer Prozessoren mithilfe sogenannter Turbokarten. So gab es von anderen Anbietern Dual-CPU-Boards mit einem PowerPC- und einem 68040- oder 68060-Prozessor (siehe PowerUP). War der Prozessor aufgelötet und es wurde eine Turbokarte benutzt, so wurde der aufgelötete Prozessor abgeschaltet.
Der onboard vorhandene RAM-Speicher von 2 MB (Chip-RAM für die AGA-Custom-Chips und die CPU, in der ersten Platinenversion auch als PS2-Steckmodul, später gelötet) kann durch 4 PS2-Module zu jeweils 4 MB um maximal 16 MB Fast-RAM (nur für die CPU) erweitert werden.
Durch Zorro-3-Steckkarten ist das RAM theoretisch auf bis zu 2 GB erweiterbar, in der Praxis gab es jedoch nur Erweiterungskarten mit maximal 256 MB Speicher. In den vorhandenen vier Zorro-Slots war somit bei Bestückung mit vier solcher Karten ein für die damalige Zeit enormer RAM-Ausbau von 1 GB möglich.