Longnon publizierte zahlreiche historische Dokumente, chartes, rôles, Kartularien, Diozesanlisten (pouillés) und Urbare (polyptiques) aus der mittelalterlichen Geschichte Frankreichs.
Dictionnaire topographique du département de la Marne comprenant les noms de lieux anciens et modernes, Paris 1891
Les noms de lieu de la France. Leur origine, leur signification, leurs transformations. Résumé des conférences de toponomastique générale faites à l’École pratique des hautes études (Section des sciences historiques et philologiques), hrsg. von Paul Marichal und Léon Mirot, Paris 1920–1929, 1968, 1979, 1999 (Vorwort durch Jacques Chaurand); New York 1973
Étude biographique sur François Villon, d’après les documents inédits conservés aux Archives nationales, Paris 1877
(Hrsg. mit François Bonnardot) Le saint voyage de Jherusalem du Seigneur d’Anglure, Paris 1878, New York 1966
(Hrsg. mit Paul Meyer) Raoul de Cambrai. Chanson de geste, Paris 1882
(Hrsg.) Oeuvres complètes de François Villon, Paris 1892
(Hrsg.) Jean Froissart, Méliador. Roman comprenant les poésies lyriques de Wenceslas de Bohême, duc de Luxembourg et de Brabant, 3 Bde., Paris 1895–1899, New York 1965
(Hrsg. mit G. Bonet-Maury) Alfred Maury, Croyances et légendes du Moyen âge, Paris 1896, Genf 1974
(Hrsg.) François Villon, Œuvres, Paris 1911, 2. Aufl., durchgesehen von Lucien Foulet, Paris 1914, 1919; 3. Aufl. Paris 1923; 4. Aufl. Paris 1926, 1929, 1930, 1932, 1935, 1958, 1964, 1966, 1969, 1970, 1976, 1980, 1981, 1982, 1992 (Les classiques français du Moyen âge 2)