Zimmer schrieb mehrere Sachbücher und verschiedene Artikel von ihm wurden in US-amerikanischen Zeitungen wie beispielsweise The New York Times und Discover veröffentlicht. Zimmer ist ein Fellow am Yale Universitys Morse College. Er lebt mit seiner Ehefrau Grace Farrell Zimmer und den beiden gemeinsamen Kindern in Guilford, Connecticut. Der Vater von Carl Zimmer war Dick Zimmer, ein republikanischer Abgeordneter aus New Jersey, der von 1991 bis 1997 im US-amerikanischen Kongress saß. Sein Bruder Benjamin Zimmer ist als Linguist tätig.
Parasitus Rex: die bizarre Welt der gefährlichsten Geschöpfe der Natur, dt. von Monika Curths, Frankfurt am Main: Umschau/Braus 2001. ISBN 3-8295-7502-5.
Woher kommen wir? - die Ursprünge des Menschen, dt. von Sebastian Vogel, München, Heidelberg: Elsevier, Spektrum, Akad. Verlag 2006. ISBN 3-8274-1787-2.
Microcosm: E. coli and the New Science of Life, 2008, ISBN 037542430X.
The Tangled Bank: An Introduction to Evolution, 2009, ISBN 0981519474.