Als Fünfjährige verlor Ene Mihkelson ihre Eltern, die sich 1949 als Partisanen in die estnischen Wälder zurückzogen und gegen die sowjetische Besetzung Estlands kämpften. Ihr Vater kam dabei ums Leben. Ene Mihkelson lebte während der Grundschulzeit bei einer Tante und machte später in einer Internatsschule Abitur.
Ene Mihkelson studierte von 1963 bis 1968 estnische Philologie an der Universität Tartu. Nach ihrem Abschluss war sie ein Jahr als Lehrerin tätig und danach bis 1979 im Estnischen Literaturmuseum in Tartu angestellt. Seit 1979 lebte sie als freiberufliche Schriftstellerin in Tartu.
Ihre erste Gedichtsammlung veröffentlichte sie 1978; danach legte sie abwechselnd Lyrik- und Prosawerke vor. Außerdem war sie als Kritikerin aktiv. Ihre Romane, die Gegenwart und Vergangenheit miteinander verbinden, beschäftigen sich hauptsächlich mit der Geschichte der Esten in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts, wobei eigene Erlebnisse mit eingeflochten wurden. Wegen ihrer Form der Verarbeitung traumatischer Kindheits- und Jugenderlebnisse wurde Mihkelson wiederholt mit Christa Wolf verglichen.
Die Freiheit der Kartoffelkeime. Poesie aus Estland. Herausgegeben von Gregor Laschen. Bremerhaven 1999, S. 109–125. Nachdichtungen von Friedrich Christian Delius, Gregor Laschen, Johann P. Tammen und Ralf Thenior
Lichtungen 2003, S. 3, 72–73. Übersetzt von Gisbert Jänicke
estonia 2006, S. 163–167. Übersetzt von Gisbert Jänicke
Gisbert Jänicke: Schreiben ist ein Abenteuer in der Sprache, in: Estonia 2/1995, S. 36–39.
Beate Biehl: Zeit und Raum in Ene Mihkelsons Deemonite demokraatia, in: Acta Baltica 34 (1996), S. 273–278.
Tiina Kirss: On Weighing the Past: Vergangenheitsbewältigung and the Prose of Ene Mihkelson and Christa Wolf, in: interlitteraria 10/2005, S. 196–216.
Eva Rein: A Comparative Study of Joy Kogawa's Obasan and Ene Mihkelson's Ahasveeruse uni in the Light of Trauma Theory, in: interlitteraria 10/2005, S. 217–229.
Cornelius Hasselblatt: Distanz, Verbitterung, Groteske. Erinnerungskulturen in der estnischen Prosa, in: osteuropa 2008, H. 6, S. 417–427.
Aija Sakova-Merivee: Die Finsternis der Vergangenheit in Ene Mihkelsons Roman Katkuhaud, in: interlitteraria 18/2 (2013), 517–533, Pestgrab, 2007.
Aija Sakova-Merivee: Ausgraben und Erinnern. Denkbilder des Erinnerns und der moralischen Zeugenschaft im Werk von Ene Mihkelson und Christa Wolf (= Dissertationes litterarum et contemplationis comparativae Universitatis Tartuensis, Band 13), University of Tartu Press (Tartu Ülikooli Kirjastus), Tartu 2014, ISBN 978-9949-32-727-0 (Online-Dissertation Universität Tartu 2014, 172 Seiten, ISBN 978-9949-32-728-7).
(= Deutschsprachige Gegenwartsliteratur und Medien, Band 19). V & R Unipress, Göttingen 2016, ISBN 978-3-8471-0557-2 (Dissertation, Universität Tartu (Estland), 19. Dezember 2014, 177 Seiten, Illustrationen, 24 cm (Volltext online; PDF; kostenfrei; 172 Seiten; 1,3 MB)).