Für die Anflugrichtung 21 existiert ein Instrumentenlandesystem, zudem steht ein Drehfunkfeuer am Flugplatz. Als Instrumentenanflugverfahren sind ein ILS/LOC-, ein VOR- und ein GPS/RNAV-Anflug auf die Bahn 21, sowie ein GPS/RNAV-Anflug auf die Bahn 03 verfügbar.[3]
Am 29. Oktober 1957 wurde mit einer Boeing KC-97G Stratofreighter der United States Air Force (USAF) (Luftfahrzeugkennzeichen52-2711) nach dem Start von der Roswell-Walker Air Force Base (New Mexico, USA) eine neunstündige Tiefflugübung durchgeführt. Bei schlechtem Wetter machten die Piloten offenbar eine falsche Positionsbestimmung. Das Flugzeug wurde beim Überfliegen der Stadt Gray Mountain in einer Höhe von weniger als 20 Metern beobachtet, wo die Wolkendecke bis auf wenige Meter über dem Boden sank. Sekunden später war eine Explosion zu hören, als es 56 Kilometer nördlich des Flughafens Flagstaff auf einen wolkenverhangenen Berg aufschlug. Durch diesen CFIT (Controlled flight into terrain) wurden alle 16 Insassen getötet, Besatzungsmitglieder und Passagiere. Es war der schwerste Unfall einer KC-97, gemessen an der Anzahl der Todesopfer.[4]