Czernin legte 1971 die Matura ab und studierte von 1971 bis 1973 an der Indiana University. Danach lebte er an verschiedenen Orten Österreichs, seit 1980 hauptsächlich in Rettenegg (Steiermark).
Czernin schrieb Aphorismen, Prosa (auch theoretische und kritische Werke), am Rande auch dramatische Werke, vor allem aber experimentelle, von der Wiener Gruppe beeinflusste Lyrik. Er beschäftigte sich auch mit traditionellen Gedichtformen wie Sonetten, Terzinen oder Sestinen.
1987 veröffentlichte er zusammen mit Ferdinand Schmatz im Residenz Verlag einen Band, für den die beiden absichtlich schlechte Gedichte schrieben, wie sie im direkt darauf folgenden Enthüllungsbuch darlegten. Sie taten das, um die Urteilskriterien des Verlags und den österreichischen Literaturbetrieb in Frage zu stellen.
Sebastian Kiefer (Hg.): Franz Josef Czernin. Themenheft der Akzente. Zeitschrift für Literatur, herausgegeben von Michael Krüger. 51. Jahrgang, Heft 4, 2004.