Heinrici befasste sich vor allem mit dem Urchristentum in seinem historischen Umfeld, dem Hellenismus, und untersuchte die frühen Gemeindeverfassungen. Ein weiterer Forschungsschwerpunkt waren die Paulusbriefe. In seiner Marburger Zeit trug dies Heinrici folgenden Spottvers aus der Studentenschaft ein: „Heinrici erklärt den Römerbrief, / bisweilen richtig, bisweilen schief. / Die Römer sind schlimm dran gewesen: / Sie mussten den Brief ohne Heinrici lesen.“[6][7]
Heinrici war zweimal verheiratet. Seine erste Ehe schloss er 1873 in Berlin mit Ellen Wilkinson (1855–1881), Tochter des Georg B. Wilkinson und dessen Frau Lucie, Tochter des Theologieprofessors August Twesten. Zehn Jahre nach dem Tod seiner ersten Frau heiratete er Paula Eck, Tochter des Staatssekretärs Paul Eck (1822–1889) und der Malwine von Wissmann, einer Schwester von Gustav von Wissmann. Aus diesen Ehen stammen:
Die Valentinianische Gnosis und die heilige Schrift. Eine Studie. Berlin 1871.
Die Sünde nach Wesen und Ursprung. 1876.
Die Christusgemeinde Korinths und die religiösen Genossenschaften der Griechen. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Theologie. (ZWTh) Jg. 19, 1876, S. 465–526.
Das Christentum nach griechisch-römischen Ansichten. 1879.
Das erste Sendschreiben des Apostels Paulus an die Korinthier. Berlin 1880.
Wesen und Aufgabe der theologischen Fakultäten. 1885.
Das zweite Sendschreiben des Apostels Paulus an die Korinthier. 1887.
Der jetzige Stand der Forschungen über die paulinischen Briefe. 1887.
D. August Twesten nach Tagebüchern und Briefen. Berlin 1889.
Schriftforschung und Schriftautorität. 1890.
Die urchristlichen Überlieferungen und das Neue Testament. 1892.
Theologische Enzyklopädie. 1893.
Das Urchristentum in der Kirchengeschichte des Eusebius. 1894.
Beiträge zur Geschichte und Erklärung des Neuen Testaments. 5 Bände, 1894–1908.
Der zweite Brief an die Korinther, mit einem Anhang: Zum Hellenismus des Paulus. Göttingen 1900.
Dürfen wir noch Christen bleiben? Kritische Betrachtungen zur Theologie der Gegenwart. 1901.
Das Urchristentum. Göttingen 1902.
Theologie und Religionswissenschaften. 1902.
Ist die Lebenslehre Jesu zeitgemäß? 1904.
Des Petrus von Laodicea Erklärung des Matthäusevangeliums. 1908.
Der litterarische Charakter der neutestamentlichen Schriften. Leipzig 1908.
Hellenismus und Christentum. 1910.
Die Eigenart des Christentums. 1911.
Paulinische Probleme, erörtert. 1914.
Die Hermesmystik und das Neue Testament. hrsg. und eingeleitet von Ernst von Dobschütz, 1918 (XIX-XXII: Bibliogr.; VII-XVII: über Henrici).
Marco Frenschkowski und Lena Seehausen (Hrsg.): Im Gespräch mit C. F. Georg Heinrici. Beiträge zwischen Theologie und Religionswissenschaft. Wissenschaftliche Untersuchungen zum Neuen Testament 2. Reihe 546, 2021.
↑Euthymius Haas (Pseudonym von Hermann Mulert): Der vergnügte Theologe. Eine Sammlung von Anekdoten aus Kirchengeschichte und kirchlicher Gegenwart. Gießen 3. Aufl. 1932, S. 143.
↑Gottfried Heindl: Unsere Show läuft schon viel länger, oder: Die Kirche und ihre Diener in Anekdoten. Wien: Paul Neff Verlag 1984, S. 57.