Heinrich Khunrath wurde etwa 1560 als Sohn des Leipziger Kaufmanns Sebastian Kunrat und seiner Frau Anna geboren. Zu seinen älteren Brüdern gehört der ebenfalls als Alchemist bekannt gewordene Conrad Khunrath. 1570, im Alter von zehn Jahren, wurde Heinrich an der Universität Leipzig eingeschrieben. 1574 kam er zum ersten Mal mit der Alchemie in Berührung. Im Mai 1588 schrieb er sich an der Universität in Basel ein, wo er am 3. September desselben Jahres zum Doktor der Medizin promoviert wurde. 1589 traf sich Heinrich Khunrath mit dem englischen Gelehrten und MagierJohn Dee. Ab dem 15. Dezember 1591 wurde Heinrich Khunrath Hofarzt des böhmischenMagnatenWilhelm von Rosenberg in Wittingau. Er stand in Kontakt mit Johann Arndt, der auch eines seiner Werke kommentiert haben soll. Zu Khunraths Patienten gehörte u. a. Graf Albrecht VII. von Schwarzburg-Rudolstadt. Am 9. September 1605 starb Heinrich Khunrath in Dresden.
Heinrich Khunrath wird auch immer wieder mit dem Rosenkreuzerorden in Verbindung gebracht, der für die Forschung allerdings erst ab 1612 greifbar wird.
Bekannt wurde Khunrath vor allem durch die Kupferstiche in seinem Werk Amphitheatrum Sapientiae Aeternae, das 1595 zuerst erschienen ist.
Faksimile: Amphitheatrum Sapientiae Aeternae – Schauplatz der ewigen allein wahren Weisheit (= Clavis Pansophiae. Bd. 6). Reprint des Erstdrucks von Hamburg 1595 und des zweiten und letzten Drucks Hanau 1609. Mit einer Bibliographie der Drucke und Handschriften Khunraths, Namenregister und Konkordanz der beiden Ausgaben sowie der Transkription einer aus dem 18. Jahrhundert stammenden deutschen Übersetzung des Amphitheatrum Sapientiae Aeternae. Herausgegeben von Carlos Gilly, Anja Hallacker, Hanns-Peter Neumann und Wilhelm Schmidt-Biggemann. Frommann-Holzboog, Stuttgart 2013, ISBN 978-3-7728-1628-4.
Confessio de Chao Physico-Chemicorum Catholico. Magdeburg 1596.
Von hylealischen, Das ist, Pri-Materialischen Catholischen, oder Algemejnem Naturlichen Chaos. Magdeburg 1597.
Symbolum Physico-Chymicum. Hamburg 1598.
Magnesia Catholica Philosophorum. Magdeburg 1599.
Warhafftiger Bericht Von Philosophischen Athanor. Magdeburg 1599.
Bericht Vom Medicinalischen Brauch und Nutzen Aquae Sanitatis. S.l. 1603.
Peter Forshaw: Curious Knowledge and Wonder-working Wisdom in the Occult Works of Heinrich Khunrath. In: R. J. W. Evans and Alexander Marr (Hrsg.): Curiosity and Wonder from the Renaissance to the Enlightenment. Ashgate, 2006 (online).
Peter Forshaw: “Alchemy in the Amphitheatre”: Some consideration of the alchemical content of the engravings in Heinrich Khunrath’s “Amphitheatre of Eternal Wisdom” (1609). In: Jacob Wamberg (Hrsg.): Art and Alchemy. Museum Tusculanum Press, 2006 (online).
Peter Forshaw: Subliming Spirits: Physical-Chemistry and Theo-Alchemy in the Works of Heinrich Khunrath (1560–1605). In Stanton J. Linden (Hrsg.): “Mystical Metal of Gold”: Essays on Alchemy and Renaissance Culture. AMS Press, 2007.
Oliver Humberg: Der Alchemist Conrad Khunrath, Texte und Dokumente aus Leipzig, Schleswig und Hamburg mit Studien zu Leben, Werk und Familiengeschichte. Elberfeld 2006.
Roland Lüthi: Ein typisches Unikat. Das Exemplar von Heinrich Khunraths „Amphitheatrum Sapientiae Aeternae“ (Hanau 1609) in der ETH-Bibliothek Zürich. In: Librarium. Zeitschrift der schweizerischen Bibliophilen-Gesellschaft. 2013, H. 2/3, S. 99–107, DOI:10.3929/ethz-b-000082502.
Ralf Töllner: Der unendliche Kommentar. Untersuchungen zu vier ausgewählten Kupferstichen aus Heinrich Khunraths „Amphitheatrum Sapientiae Aeternae Solius Verae“. Hanau 1609.