Als Sohn des Schiffbauers Georg Heinrich Rathke und seiner Frau Catharina Elisabeth geb. Streege besuchte Rathke das Akademische Gymnasium Danzig. Nach dem Abitur studierte er 1814–1818 an der Georg-August-Universität Göttingen und der Friedrich-Wilhelms-Universität zu Berlin Naturgeschichte und Medizin. 1818 wurde er in Berlin wohl zum Dr. med. promoviert.[1] Er ging anschließend als praktischer Arzt zurück nach Danzig. 1825 wurde er Chefarzt am städtischen Krankenhaus, ein Jahr später Kreisphysikus. Von 1829 bis 1835 war er Professor für Physiologie und Pathologie an der Kaiserlichen Universität Dorpat. 1835 übernahm er die Nachfolge von Karl Ernst von Baer als Professor für Anatomie und Zoologie an der Albertus-Universität Königsberg. 1852/53 war er Rektor der Albertus-Universität. Eine Rektoratsrede ist nicht überliefert.[2] Er erreichte den Bau des Anatomischen Instituts, das bis 1935 genutzt wurde. 1858 reformierte er das Physikum.[3]
Rathke entdeckte die Kiemenbogen bei Embryonen von Säugetieren und Vögeln. Bei vergleichenden Studien zur Kiemenentwicklung fand er eine Ausstülpung im Dach der sich entwickelnden Mundhöhle. Diese heute als Rathke-Tasche bezeichnete Bildung ist Ausgangspunkt für die Entstehung des Hypophysenvorderlappens. Außerdem gilt Rathke als einer der Väter der Zoologie der Meerestiere. Er entdeckte das Lanzettfischchen als eigene Art und befasste sich mit Krebstieren und Weichtieren.
Verheiratet war Rathke mit Martha Elmire geb. Malonek. Einer seiner Söhne war der Chemiker Bernhard Rathke.
Gustav Zaddach: Heinrich Rathke. Eine Gedächtnisrede, gehalten an der Königl. physikalisch-ökonomischen Gesellschaft zu Königsberg am 21. Dezember 1860. In: Neue Preußische Provinzial-Blätter. Band 6, Königsberg 1860, S. 271–312 (mit Verzeichnis der wissenschaftlichen Publikationen H. Rathkes).
↑Ein Verzeichnis seiner Schriften wurde angegeben von Ernst Gustav Zaddach: Heinrich Rathke. Eine Gedächtnisrede, gehalten an der Königl. physikalisch-ökonomischen Gesellschaft zu Königsberg am 21. Dezember 1860. In: Neue Preußische Provinzial-Blätter. Band 6, Königsberg 1860, S. 271–312.
↑Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Bd. 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Bd. 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1, S. 197.