Wissenschaftsgeschichtlich ist Hupfeld insofern von Bedeutung, als er als Begründer der Neueren Urkunden-Hypothese gilt. Für seine Verdienste um das Wohl der Universität wurde er 1834 zum Ehrenbürger der Stadt Marburg ernannt.
Der Superintendent David Hupfeld (1836–1916) war ein Sohn, der Praktische Theologe Renatus Hupfeld ein Enkel Hermann Hupfelds. Der Komponist und Konzertmeister Bernhard Hupfeld war sein Großvater.
Die Psalmen. Übersetzt und ausgelegt von Hermann Hupfeld. 1855–1861; 2. Auflage hrsg. von Eduard Riehm, 1867–1871; 3. Auflage 1888.
Über Begriff und Methode der sogenannten biblischen Einleitung nebst einer Uebersicht ihrer Geschichte und Literatur. Elwert, Marburg 1844 (Digitalisat).
Commentatio de primitiva et vera festorum apud Hebraeos ratione ex legum Mosaicarum varietate eruenda. 4 Teile. Gebauer, Halle 1851–1865.
Die Quellen der Genesis und die Art ihrer Zusammensetzung. Berlin 1853.
Die heutige theosophische oder mythologische Theologie und Schrifterklärung. Berlin 1861.
Dokumente einer Freundschaft in schwieriger Zeit. Hermann Hupfeld und Johann Wolfgang Bickell. Briefwechsel 1832–1848. Hrsg. und mit einer Einleitung versehen von Otto Kaiser. Historische Kommission für Hessen, Marburg 2010.
Otto Kaiser: Zwischen Reaktion und Revolution: Hermann Hupfeld (1796–1866) – ein deutsches Professorenleben (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen. Philologisch-Historische Klasse, Dritte Folge, Band 268). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2005, ISBN 3-525-82540-4.
Hermann Hupfeld als Gymnasiast in Hersfeld und Studienanfänger in Marburg nach den Briefen aus den Jahren 1811–1814. Herausgegeben von Otto Kaiser. Marburg 2019 (Veröffentlichungen der Historischen Kommission für Hessen 46,16), ISBN 978-3-942225-44-1