Noch vor dem Tod seiner ersten Frau Katharina im Jahr 1806 verließ er mit seiner Tochter Rosalia Wien und wurde Domkapellmeister des Bischofs von Bosnien in Diakowar in Slawonien. Am 7. Jänner 1807 heiratete er in Diakowar die Sängerin und Schwägerin Mozarts Sophie Weber, die er vermutlich in Wien kennengelernt hatte.
Seinen größten Erfolg als Komponist hatte Haibel 1796 mit der komischen Oper Der Tyroler Wastel nach einem Libretto Schikaneders, die im Freihaustheater 118 Mal aufgeführt wurde und deren Duett Tiroler sind oftn so lustig und froh sehr populär wurde. Das Menuett à la Viganò aus seinem Ballett Le nozze disturbate diente Ludwig van Beethoven als Grundlage für seine Zwölf Variationen (WoO 68). Als Domkapellmeister in Diakowar komponierte er mindestens sechzehn Messen.
Michael Lorenz: Neue Forschungsergebnisse zum Theater auf der Wieden und Emanuel Schikaneder. In: Wiener Geschichtsblätter, 4/2008, S. 15 ff. (PDF; 301 kB)