Vater von Jean und seinem Zwillingsbruder Emmanuel Benner (1836–1896) war der Maler und Textildesigner Jean Benner-Fries.
Die Zwillingsbrüder Benner waren zunächst Designer für verschiedene Mülhauser Unternehmen. Im Alter von 30 Jahren studierte Jean Benner Kunst in Paris; gemeinsam mit Léon Bonnat (1833–1922) und Jean-Jacques Henner (1829–1905), und wohl auch mit seinem Bruder Emmanuel. Er stellte seine Gemälde im Pariser Salon von 1868 aus. Benner porträtierte Henner im Jahr 1899; zuvor hatte Henner Benner im Jahr 1863 porträtiert.
Jean Benner malte vor allem Stillleben, Porträts, Genre-Gemälde und weibliche Akte. Er lebte und malte zeitweilig auf der italienischen Insel Capri, die damals, im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts, eine europäische Künstlerkolonie war.