Joaquim de Almeida verließ im Alter von 18 Jahren sein Heimatland und lebte zwei Jahre lang in Wien. Nach seiner Hochzeit mit der angehenden Pianistin Andrea Nemetz zog er 1977 nach New York, wo er zunächst als Kellner und Barmixer arbeitete. Dort entdeckte de Almeida die Schauspielerei für sich und gab 1982 in Der Söldner sein Debüt. De Almeida wirkt vorwiegend in portugiesisch-, spanisch- und französischsprachigen Filmen mit. Zu seinen bekanntesten Hollywood-Filmen zählen Das Kartell mit Harrison Ford und Willem Dafoe sowie Desperado, in dem er an der Seite von Antonio Banderas und Salma Hayek zu sehen war. Ferner spielte er auch in der Serie Miami Vice in der neunten Folge (Gekauft und bezahlt) der zweiten Staffel den bolivianischen Generalssohn und Playboy-Vergewaltiger Nico Arroyo.
Im Jahr 1992 erhielt de Almeida den Preis als Bester Darsteller des Filmfestivals von Kairo für Retrato de Família, 1997 wurde er mit dem Globo de Ouro in Portugal geehrt. Für die Rolle eines mexikanischen Drogenbarons in der dritten Staffel der Fernsehserie 24 wurde er 2005 gemeinsam mit den übrigen Darstellern der Serie in der Kategorie Bestes Schauspielensemble in einer Dramaserie für den Screen Actors Guild Award nominiert.
Er betätigt sich ferner als Synchronsprecher und Produzent des portugiesischen Films. Seit dem 8. Oktober 2005 besitzt Joaquim de Almeida die US-amerikanische Staatsbürgerschaft. Er spricht fließend Portugiesisch, Spanisch, Englisch, Französisch, Italienisch und Deutsch.