1794 wechselte Fabri nach Erlangen. Dort gab er zum einen die Erlanger Realzeitung heraus und leitete deren Redaktion bis 1804.[2] Zum anderen hielt er als Professor „extra facultatem“ (lat.: außerhalb der Fakultät) und ohne Gehalt Vorlesungen über Geographie und Geschichte. 1805 wurde er zum ordentlichen Professor der Philosophie ernannt, allerdings ohne Sitz und Stimme im Senat der Universität.[3] Erst 1815 wurde ihm ein festes Gehalt zugesprochen.
Fabri verfasste zahlreiche, zum Teil vielfach aufgelegte geographische Handbücher und Lehrbücher sowie mehrere Sammelwerke.
Bd. 2. 1790: Welcher den Beschluß vom östreichischen Kreise, den schwäbischen und baierischen Kreis, und einige Abschnitte vom fränkischen Kreise enthält (Digitalisat der Bayerischen Staatsbibliothek).
Bd. 3. 1791: Welcher den Beschluß vom fränkischen Kreise, und einige Abschnitte vom obersächsischen Kreise enthält (Digitalisat der Bayerischen Staatsbibliothek).
Bd. 4. 1793: Welcher die Fortsetzung und den Beschluß vom Obersächsischen Kreise enthält (Digitalisat der Bayerischen Staatsbibliothek).
Bd. 5. 1808: Enthaltend den bisherigen niedersächsischen Kreis, nebst Anzeige der bis zum Oktober 1807 in diesem Abschnitte eingetretenen politischen Veränderungen (Digitalisat der Bayerischen Staatsbibliothek).
Georg Wolfgang Augustin Fikenscher: Vollständige akademische Gelehrten-Geschichte der Königlich Preußischen Friedrich-Alexanders Universität zu Erlangen von ihrer Stiftung bis auf gegenwärtige Zeit, Bd. 3: Von den ausserordentlichen Professoren, Adjuncten der philosophischen Fakultät, Privat-Lehrern, Lectoren, Zeichen- und Exercitienmeistern. Lechner, Nürnberg 1806, S. 236–142 (Digitalisat der Bayerischen Staatsbibliothek).
Gerhard Lutz: Johann Ernst Fabri und die Anfänge der Volksforschung im ausgehenden 18. Jahrhundert. In: Zeitschrift für Volkskunde, Jg. 69 (1973), S. 19–42.
Art. Fabri, Johann Ernst, Geograph. In: Karl Bosl (Hrsg.): Bosls bayerische Biographie. 8000 Persönlichkeiten aus 15 Jahrhunderten. Pustet, Regensburg 1983, ISBN 3-7917-0792-2, S. 192.
↑Mit „Statistik“ war im damaligen Sprachgebrauch – anders als heutzutage – weniger das Teilgebiet der Mathematik gemeint als die Staatsbeschreibung: die Beschreibung des „Status“ eines Staates oder eines anderen Territoriums, wozu auch dessen zahlenmäßige Erfassung (Einwohner, Gewerbe), also statistische Angaben im heutigen Sinn, gehörten.