Böhmers Vater war der aus Zweibrücken stammende wild- und rheingräfliche Hofrat in Grumbach und Lauterecken Carl Ludwig Böhmer, der 1792 vor der französischen Besatzung zunächst nach Wetzlar und von dort nach Frankfurt emigrierte und eine Anstellung als städtischer Kanzleidirektor erhielt.[1] Böhmers Mutter war Juliane Wilhelmine von Hofmann (1768–1844), eine Tochter des Prokurators Caspar Friedrich von Hofmann.
Johann Friedrich verbrachte seine Kindheit und Jugend in großer Abgeschlossenheit und litt zeitlebens unter Schüchternheit und Ängstlichkeit. Er hegte eine romantische Sehnsucht nach der Kaiserzeit und dem Reich, die er auf Bayern, Österreich und die Katholische Kirche übertrug. Obwohl er aus einer protestantischen Familie stammte, entwickelte er unter dem Einfluss von Freunden wie Clemens Brentano und Joseph Görres eine tiefe Abneigung gegen den Protestantismus und insbesondere gegen Preußen, das er als Haupthindernis für die Herstellung der Reichseinheit ansah. Zur Konversion konnte er sich trotzdem nie entschließen.
Im Laufe der Jahre gab er zahlreiche Zusammenstellungen von Urkunden und Quellen des frühen Mittelalters heraus, u. a.
Regesta chronologico-diplomatica regum atque imperatorum Romanorum 911–1313. Varrentrapp, Frankfurt am Main 1831. (Digitalisat)
Die Urkunden der römischen Könige und Kaiser von Conrad I. bis Heinrich VII., 911–1313. Varrentrapp, Frankfurt am Main 1831.
Die Reichs-Gesetze von 900 bis 1400 nachgewiesen durch Johann Friedrich Böhmer. Varrentrapp, Frankfurt 1832. (Digitalisat)
Regesta chronologico-diplomatica Karolorum. Die Urkunden sämmtlicher Karolinger in kurzen Auszügen. (Frankfurt 1833),
Codex diplomaticus Moeno-Francofurtanus. Urkundenbuch der Reichsstadt Frankfurt. (Frankfurt 1836)
Die Fontes rerum Germanicarum (Stuttgart 1843–1868) sind eine Sammlung von Originaldokumenten der deutschen Geschichte des 13. und 14. Jahrhunderts. Neuauflage unter ISBN 978-1-147-06162-8
Band 1: Johannes Victoriensis und andere Geschichtsquellen Deutschlands im vierzehnten Jahrhundert. J. G. Cotta’scher Verlag. Stuttgart 1843
Band 3: Martyrium Arnoldi [Archiepiscopi Moguntini] und andere Geschichtsquellen Deutschlands im zwölften Jahrhundert Stuttgart 1843
Band 2: Hermannus Altahensis und andere Geschichtsquellen Deutschlands im dreizehnten Jahrhundert. Stuttgart 1845 (Darunter die Sindelfinger Annalen)
Regesta imperii inde ab anno MCCCXIIII usque ad annum MCCXLVII [(1314–1347)]: Die Urkunden Kaiser Ludwigs des Baiern, König Friedrich des Schönen und König Johanns von Böhmen. Schmerber, Frankfurt am Main 1839.
Additamentum primum ad regesta imperii inde ab anno MCCCXIIII usque ad annum MCCCXLVII.: Erstes Ergänzungsheft zu den Regesten Kaiser Ludwigs des Baiern und seiner Zeit 1314–1347. Schmerber, Frankfurt am Main 1841.
Regesta imperii inde ab anno MCCXLVI usque ad annum MCCCXIII: Die Regesten des Kaiserreiches unter Heinrich Raspe, Wilhelm, Richard, Rudolf, Adolf, Albrecht und Heinrich VII: 1246–1313. Cotta, Stuttgart 1844.
Regesta imperii inde ab anno 1198 usque ad annum 1254. Cotta, Stuttgart 1849.
Wittelsbachische Regesten von der Erwerbung des Herzogtums Bayern bis zu 1340. Cotta, Stuttgart 1854. (Digitalisat)
Helge Dvorak: Biographisches Lexikon der Deutschen Burschenschaft. Band II: Künstler. Winter, Heidelberg 2018, ISBN 978-3-8253-6813-5, S. 80–82.
Johannes Janssen: J. F. Böhmers Leben, Briefe und kleinere Schriften. Freiburg 1868
Jochen Lengemann: MdL Hessen. 1808–1996. Biographischer Index (= Politische und parlamentarische Geschichte des Landes Hessen. Bd. 14 = Veröffentlichungen der Historischen Kommission für Hessen. Bd. 48, 7). Elwert, Marburg 1996, ISBN 3-7708-1071-6, S. 81.
↑Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Bd. 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Bd. 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1, S. 43.