Chemnitz studierte in Halle und wirkte von 1757 bis 1768 als Königlich dänischer Gesandtschaftsprediger in Wien. Danach war er in Rendsburg tätig und wurde am 20. Januar 1769 deutscher Garnisonprediger in Helsingør. Ab 1771 war er Garnisonprediger in Kopenhagen.
Nach dem Tode von Friedrich Martini gab Chemnitz ab 1778 dessen Neues systematisches Conchylien-Cabinet weiter heraus und fügte bis 1795 den ersten drei zu Martinis Lebzeiten erschienenen Bänden weitere acht hinzu. Ein zwölfter Band wurde 1829 von Schubert und Wagner publiziert.[3]
Die Sammlung von Chemnitz wurde am 7. Dezember 1802 in Kopenhagen versteigert. Die Akademie der Wissenschaften des Russischen Reiches in Sankt Petersburg erwarb die Sammlung, welche bis heute in Sankt Petersburg aufbewahrt wird.[4]
Von dem Zustande der Evangelischen und ihrem Gottesdienste in Wien, Wien 1761
Nachricht von dem Zustande der Dänischen Gesandtschafts-Kapelle zu Wien; Wien 1761
Nachrichten von einer neu angelegten Schule bei der Kgl. Dänischen Gesandtschafts-Kapelle zu Wien; Wien 1763–1768
Bußpredigt wegen des Erdbebens zu Comorra in Ungarn, 1763
Georg Eberhard Rumphs oder Plinii Indici, Amboinische Raritätenkammer oder Abhandlung von den Steinschaaligen Theieren, welche man Schnecken und Muscheln nennet, aus dem holländischen übersetzt von Philipp Ludwig Statius Müller und mit Zusätzen aus den besten Schriftstellern der Conchyliologie vermehrt von J. H. Chemnitz, Wien 1766
Von der Lieblichkeit eines seligen Todes, Wien 1766
Abschiedsrede in der Kgl. Dänischen Gesandtschafts-Kapelle, Wien 1768
Neues systematisches Conchylien-Cabinet, geordnet und beschrieben von Friedrich Heinrich Martini Bd. 4–11, 1779–1796
Von einem Geschlechte vielschaaliger Conchylien mit sichtbaren Gelenken, welche beym Linné Chitons heißen. Nürnberg 1784.
Lebensgeschichte des verdienstvollen Herrn Gabriel Nicolaus Raspe, berühmten Buchhandlungsherrn der Kayserl. freyen Reichsstadt Nürnberg etc. Nürnberg 1787.
↑Schubert, G. H. & Wagner, J. A. 1829. Neues Systematisches Conchylien-Cabinet von Martini-Chemnitz, angefangen von Martini und Chemnitz. Zwölfter Band. Erste Abtheilung. - pp. I-XII [= 1-12], 1-196, Tab. 214-237. Nürnberg. (Bauer & Raspe).
↑Martynov, A. V. 2002. The shell collection of J. H. Chemnitz in the Zoological Institute, St.-Petersburg. - Ruthenica 12 (1): 1-18.